一，illumina测序相关知识
文库：DNA片段两端加上特定的DNA接头。
文库制作步骤：
1，超声波打断DNA
2，将断裂的两端用酶补平。
3，用taq酶在补平的3‘端加一个A碱基
4，连接酶连上特定的接头
桥式PCR:
1,芯片上的引物与DNA片段互补杂交。
2,加入dNTP和聚合酶合成互补双链。
3，加入NaOH碱溶液解链。
4，加中和液，DNA链的另一端就会和芯片上的引物互补杂交。
5，加NaOH碱溶液解链。
6，.......重复.....。
测序：
1，碱洗解链
2，冲掉脱下的链，留下共价键连接的那根。
3，加入测序引物，荧光标记的dNTP（特点：末端是被一个叠氮碱基堵住的。）
4，加入聚合酶开始合成，由于dNTP的特性，一次只能延生一个碱基。
5，将多余碱基冲洗掉，显微镜激光扫描，推出模板上是什么碱基。
6，加入化学试剂将叠N基团和标记的荧光基团切掉，3‘端的-OH暴露出来。
7，加新的dNTP和新的酶继续测下一个碱基
读（index）：
index：由于illuminate一次测序数据上亿，因此一次可以对不同的基因组同时测序，为了区别这些不同的基因组，在接头上插入了一段识别序列，叫做index。
读index的方法：
首先把刚读完的Read1的序列洗掉，加入read2的测序引物，read2引物会结合在index旁。
illuminate的另一个核心技术：双端测序
双端测序：即DNA的正负方向的链都读一遍，有效长度能增加一倍。
倒链的过程：
1，先合成DNA，得到互补链。
2，使用化学试剂切掉原来的链。
3，加上Read3的引物，读数据，可以得到得到很大的数据量。
