膜蛋白分析：生物膜所含的蛋白叫膜蛋白，是生物膜功能的主要承担者。生物体大约30%蛋白质都是膜蛋白，而膜蛋白是药物的主要靶标。
许多膜蛋白是兼性分子，它们的多肽链可以横穿膜一次或者是多次，以疏水区跨越双层的疏水区与脂肪酸链共价结合，而亲水的极性部分位于膜的内外表面。
膜蛋白种类：膜整合蛋白（跨膜）integral（transmembrane）、膜锚定蛋白（membrane-anchored）和外周膜蛋白（peripheral），膜整合蛋白的跨膜区一般形成α-螺旋。
跨膜蛋白（transmembrane protein，TP)**是一种贯穿生物膜(细胞膜)两端的蛋白。许多跨膜蛋白的功能是作为通道或“装载码头”来实施拒绝或允许某种特定的物质跨过生物膜的运输、进入细胞，同时，也使要废弃的副产品运出细胞。
跨膜蛋白（transmembraneprotein，TP）主要有两种类型：alpha-helical和 beta-barrels。
α-螺旋：这种蛋白存在于细菌细胞的内膜或真核细胞的质膜，也有时存在于真核细胞的外膜。α-螺旋在细胞中通常具有信号传导或转运通道功能，细胞中的跨膜蛋白以此类型为主。
β-筒状蛋白：这类蛋白仅在革兰氏阴性细菌的外膜、革兰氏阳性细菌的细胞壁、以及线粒体和染色质的外膜上发现。
跨膜蛋白的跨膜结构域一般是疏水的，而膜外的结构一般是亲水的。
跨膜区分析（TMHMM）：
跨膜区即蛋白质序列中跨越细胞膜的区域，通常为α-螺旋结构，约20~25个氨基酸残基，构成跨膜区蛋白的氨基酸大部分是疏水性氨基酸。蛋白质含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位在膜上的膜蛋白的。跨膜结构域来预测一半是为了分析蛋白质的定位。如果有，就可能源是膜蛋白，这对分析其功能、制定纯百化方案以及表达方式都很有帮助。如果确定是膜蛋白，功能就可能度是知受体、通道之类的，纯化就按疏水蛋白来设计道，表达就要考虑真核表达系统。
TMHMM是由Anders Krogh和ErikSonnhammer开发的一种基于隐马尔可夫模型（hidden Markov model）预测跨膜螺旋的工具。
