《战争与和平》第二册，一共分成五个部分。

第一部分，在奥斯特利茨战役（普拉茨村战役）结束之后，一八〇六年初，尼古拉·罗斯托夫休假回了莫斯科家里，和他一起到莫斯科的还有他的连长杰尼索夫。尼古拉·罗斯托夫与家人重聚的情境把一旁的杰尼索夫都感动了。为了给从军队中归来的儿子接风洗尘，并欢迎奥斯特利茨战役中的英雄巴格拉季翁公爵，伊利亚·安德烈伊奇·罗斯托夫在英国俱乐部出资举办了一场筳宴。多洛霍夫、皮埃尔、杰尼索夫都参与了这次宴席，在宴席开始之前，人们盛赞巴格拉季翁的英勇和伟大，且把奥斯特利茨战役的失败归咎于库图佐夫。在宴席中，皮埃尔还因为怀疑多洛霍夫与自己的妻子海伦有染，所以当面对多洛霍夫提出了决斗要求。

皮埃尔与多洛霍夫在森林中举行了决斗，罗斯托夫、杰尼索夫、涅斯维茨基作为副手参与了整个决斗的过程，结果多洛霍夫中了皮埃尔一枪，皮埃尔仓皇离开了决斗现场。回到家里，皮埃尔内心产生了极大的波动，并跟前来理论的妻子海伦大吵了一架，最后离开了莫斯科，去了彼得堡。

在童山，尼古拉·博尔孔斯基老公爵家里收到了库图佐夫的信，信中提及了奥斯特利茨战役和库图佐夫对安德烈·博尔孔斯基在战场上的所见，并怀疑安德烈已经牺牲在战场上了，博尔孔斯基一家人都陷入了深深的悲痛之中。但安德烈在战场上出了事，一家人都还瞒着即将分娩的小公爵夫人丽莎。就在小公爵夫人丽莎分娩的当晚，安德烈·博尔孔斯基奇迹般地冒雪回到了家里见到了在产床上的丽莎。当晚，小公爵夫人丽莎为安德烈·博尔孔斯基生下一个儿子之后就死了。

在决斗受伤的多洛霍夫在养伤期间和尼古拉·罗斯托夫成了好朋友，之后就经常来罗斯托夫家里做客，渐渐地，多洛霍夫喜欢上了罗斯托夫家里的索尼娅，并开口向十六岁的索尼娅求婚，索尼娅果断拒绝了他。一八〇六年秋，尼古拉·罗斯托夫的休假即将结束。在归队之前，尼古拉·罗斯托夫被多洛霍夫邀请去参加一场话别宴，在宴会上，尼古拉被迫与多洛霍夫赌牌，结果尼古拉·罗斯托夫在牌局上输掉了四万三千卢布，负债累累的尼古拉·罗斯托夫失魂落魄地回到了家里，看到娜塔莎正在钢琴旁唱歌，杰尼索夫为她弹钢琴伴奏，两人的关系很亲密。接着娜塔莎跑到客厅跟她的母亲说杰尼索夫向她求婚了，娜塔莎的母亲果断回绝了杰尼索夫对娜塔莎的求婚。尼古拉·罗斯托夫也跟自己的父亲说出了自己在赌桌上输钱的事，罗斯托夫家从此陷入了债务危机。

第二部分，皮埃尔跟妻子闹翻之后，在去彼得堡的路上，遇见了一位神秘老人，从老人的戒指上，皮埃尔认出这个神秘老人是共济会的会员。之后皮埃尔在与神秘老人的交谈中，渐渐对这个老人产生了敬畏之心，并对共济会的精神领域也产生了向往。回到彼得堡之后，没过多久，皮埃尔就加入了共济会。入会后，皮埃尔的老丈人瓦西里公爵找到了皮埃尔，他要求皮埃尔和妻子海伦和好，皮埃尔把瓦西里公爵轰出了家门。与此同时，鲍里斯也在安娜·帕夫洛夫娜的宴会上锋芒毕露，成了一个被人们热捧和议论的中心人物。

在童山，尼古拉·博尔孔斯基佬公爵被任命为后备军总司令中的一个，而安德烈·博尔孔斯基则因为奥斯特利茨战役的失败和妻子的离世而陷入了深深的悲痛之中，他的脾气变得十分暴躁易怒，一心只在乎自己的儿子，不再关心其他任何与他不相干的事，对儿子的爱也变得有些神经质。加入共济会的皮埃尔在共济会的引导下，巡视了自己管辖下的各个庄园，他想要解放庄园里的农奴，并为他们提供教育的机会和设立医院，但由于皮埃尔没有什么管理的经验，被他的管家忽悠得团团转，还为管家糊弄他而做的一些表面工作感到十分地高兴。巡视完田庄之后，皮埃尔顺道去博古恰罗沃村见了他的老朋友安德烈·博尔孔斯基。两人因为两年没见，世事变迁，两人在见面之初竟找不到什么可聊的共同话题。直到皮埃尔谈起了自己的人生理想和信念，并把自己解放农奴和在田庄设立学校与医院的事告诉了安德烈·博尔孔斯基，安德烈·博尔孔斯基的话才渐渐多了起来，只是安德烈一直都抱着轻蔑和讽刺的态度，把皮埃尔所说所做的这些事驳得一无是处，皮埃尔虽然感到窘迫，但还是极力想说服安德烈认可他所做的这些事，最后，两人在去往童山的路上，安德烈·博尔孔斯基似乎意识到自己在这一天发生了一点微妙的变了，他才不再反驳皮埃尔，对皮埃尔的态度也温和了起来。在童山，皮埃尔见到了玛丽亚公爵小姐，两人在信仰和价值观念上都颇有相似之处。晚间，尼古拉·博尔孔斯基老公爵回来后也非常欢迎皮埃尔。皮埃尔似乎为博尔孔斯基凄清的家里带去了一缕温暖的光辉。

尼古拉·罗斯托夫休完假回到保罗格勒团之后，与战友之间建立的深厚的友谊，同时，他所在的骠骑兵连队也在经历着严峻的生存考验，饥饿、寒冷与疾病无时无刻不在折磨着每一位战士和被战场波及到的百姓。连长杰尼索夫不堪忍受战士们忍饥挨饿，抢夺了运往其他团队的食物补给，为此杰尼索夫在军队中惹下了祸端被叫去了司令部，在司令部，杰尼索夫才知道没有他们的补给，其中有捷利亚宁在后面搞鬼，杰尼索夫当即在司令部打了人，他也因此被告上了军事法庭。在得知自己在军事法庭上可能要被降职为士兵，杰尼索夫趁自己在外出巡逻时负了枪伤而住进了医院，想以此来逃避军事法庭的处分。尼古拉·罗斯托夫在去医院看望杰尼索夫的时候，看到了战地医院里的一幕幕惨状。最后，他找到了杰尼索夫，并遇见了曾经用炮车载过他的炮兵连连长图申，图申已经少了一条胳膊。在医院，尼古拉·罗斯托夫从杰尼索夫那儿得知，杰尼索夫的官司并没有因为杰尼索夫的负伤而得到宽恕，一旁的图申提议让杰尼索夫服个软，找人到皇帝那儿去求个情认个错，事情或许会有好转。杰尼索夫表面上不同意，但在尼古拉·罗斯托夫准备离开之时，他还是让尼古拉·罗斯托夫带着请求赦免的呈文去找人向皇帝求情去了。

尼古拉·罗斯托夫到了皇帝所在的蒂尔西特，他先找到了昔日的好友鲍里斯，希望鲍里斯能帮上杰尼索夫的忙。此时的鲍里斯已然是皇帝身边的小有名气的副官了，但他也因此变得更加的目中无人，连在昔日的好友尼古拉·罗斯托夫面前也是一副作威作福的姿态。尼古拉·罗斯托夫看不惯鲍里斯的作派，即使鲍里斯勉强同意帮忙，尼古拉·罗斯托夫最终还是放弃了对鲍里斯所怀的期望，他要自己去找皇帝，亲自把呈文交给皇帝，为杰尼索夫求情，但是，在皇帝的行宫里，因为他职位低下，未能见到皇帝的面。后来还是遇见了一位曾经的师长，师长才同意为他呈递杰尼索夫的呈文。在皇帝出来后，师长给皇帝送上了杰尼索夫的呈文，但是被皇帝拒绝了，师长并因此惹怒了皇帝。随后，尼古拉·罗斯托夫混在人群中，追随着皇帝出行的队伍，见到了俄国皇帝和拿破仑在涅曼会见的场景，尼古拉·罗斯托夫因为战争而痛恨法国军队，痛恨拿破仑，而此时俄国皇帝却和拿破仑情如兄弟。拿破仑提议要把自己的荣誉团勋章奖励给一个最勇敢的俄国士兵，随后，在队列中的一个俄国普通士兵被当场选中，被赠予了拿破仑的荣誉团勋章，这位普通的俄国士兵随即就成为人们的焦点和议论的中心，而尼古拉·罗斯托夫却只得在一个小饭店里痛苦地发着牢骚，以发泄他内心的不满和委屈。

第三部分，时间到了一八〇九年春，俄国皇帝与拿破仑的关系变得亲密，俄国也已成了法国拿破仑军队的盟友。与此同时，安德烈·博尔孔斯基在皮埃尔的影响下，轻松完成了皮埃尔无法做成的那些对田庄改革的事。期间，安德烈还阅读了大量的书籍，对时政和战争都有了一些自己独到的见解，整个人也渐渐从抑郁中走了出来。为了处理梁赞田庄的事，他还去见了梁赞县的贵族长伊利亚·罗斯托夫，并在罗斯托夫家见到了娜塔莎，娜塔莎的单纯和少女的多愁善感在不知不觉中也唤醒了安德烈·博尔孔斯基死寂的灵魂。从罗斯托夫家回来后，安德烈就决定秋天他要回到彼得堡，回到人们的视野中去。

到了八月，安德烈·博尔孔斯基到了彼得堡。在彼得堡，安德烈·博尔孔斯基两次见的皇帝，但是因为他在一八〇五年后他就没有服兵役而受到了皇帝的疏远。安德烈为国家递呈了自己草拟的一份军事法草案，也未受到相关部门的重视，只是推荐他当了一个没有薪俸的委员会委员。安德烈·在彼得堡四处走访，认识了斯佩兰斯基，因为安德烈·博尔孔斯基率先做成解放田庄的事而受到了斯佩兰斯基的重视和盛情款待，安德烈·博尔孔斯基在彼得堡的贵族交际圈里也因此而变得小有名气。

皮埃尔也回到了彼得堡，但此时的他因为田庄改革的失败，对共济会的腐败也感到不满，还有他的妻子也跟到了彼得堡，他被迫和妻子和好。几件事已让他在生活中变得郁郁寡欢。

罗斯托夫家里，因为经济状况越来越糟，伊利亚·安德烈伊奇·罗斯托夫也不得不回到彼得堡，为自己谋一份公差。回到彼得堡之后，贝格就向伊利亚·罗斯托夫的女儿薇拉求婚了，罗斯托夫一家同意了贝格的求婚，因此，伊利亚·罗斯托夫又不得不卖掉自家的森林给女儿薇拉做陪嫁。鲍里斯在彼得堡，见到了儿时的玩伴娜塔莎，娜塔莎又勾起了鲍里斯对她的爱慕之情，因此，鲍里斯又成了罗斯托夫家的常客。善良的罗斯托夫伯爵夫人看出了女儿娜塔莎有意在戏弄鲍里斯的感情，于是她劝导女儿娜塔莎和鲍里斯划清界线，并找鲍里斯谈了话，从此鲍里斯再也不来罗斯托夫家了。

在一八一〇年的一场有皇帝参加的大型除夕舞会上，娜塔莎因为家道中落、且是一个初出茅庐的小丫头，并没有人邀请她跳舞，正在她委屈得要哭之时。在皮埃尔的要求下，安德烈·博尔孔斯基邀请了娜塔莎一起跳舞，在舞会上，娜塔莎的活泼欢快又一次打动了安德烈·博尔孔斯基，舞会后，伊利亚·罗斯托夫主动邀请安德烈·博尔孔斯基到他家里去做客，而皮埃尔却因为自己的妻子在舞会上的表现而感到屈辱。在罗斯托夫家做客期间，娜塔莎又一次触动了安德烈·博尔孔斯基的内心，让安德烈·博尔孔斯基的思想重新活跃了起来。接着在一次又一次的宴会中，随着娜塔莎与安德烈·博尔孔斯基的见面的次数越来越多，两人的感情也渐渐的升华成了爱情，安德烈·博尔孔斯基决定向娜塔莎求婚，他把自己要追求娜塔莎的事写信跟他的父亲尼古拉·博尔孔斯基说了之后，老博尔孔斯基公爵表示很反对，在回信中他要求安德烈·博尔孔斯基必须把婚期延期一年，不然他就不承认这桩婚事的。安德烈·博尔孔斯基同意把婚期延期一年，并向娜塔莎求婚了，娜塔莎的父母对此虽然有些不满，但由于娜塔莎的执着和安德烈良好的家庭条件，最终还是勉强同意了。安德烈与娜塔莎在彼得堡低调地订了婚，婚期定在了一年之后。接着，安德烈·博尔孔斯基就出国周游治病去了，走之前，他对娜塔莎说，如果有什么事情是他们解决不了的，就去找皮埃尔，他说皮埃尔有一颗金子般的心。

在童山，尼古拉·博尔孔斯基老公爵因为对儿子续弦的事不满，他把所有的气都撒到了女儿玛丽亚公爵小姐的身上，玛丽亚公爵小姐的生活处境因此变得十分的悲苦。