查理高登最终前往华伦寄养之家，他不愿意凯尼恩小姐再度落泪，他不愿意别人可怜他。他曾经聪明过，但那一切都已经结束。他必须继续走下去，就像阿尔吉侬一样。
如果再给查理一次选择的机会，他仍旧会同意参与实验，能让人变聪明的实验。任何一个被命运判定终生愚笨的人都不会放过这样的机会，去争取上帝忘记给予自己的东西，争取像一个正常人那样读书、写字、交朋友。成人智障班的凯尼恩小姐把这个机会给予了查理，因为他是最用功的学生。
对所有人来说，这不过是一场试验，如果成功了，可以为千千万万的智障人士带来福音，如果失败了，查理也没有什么损失。因为他原本一无所有。况且查理也不是第一个接受手术的实验对象，在他之前，博士们成功的让一只叫做阿尔吉侬的小白鼠获得了超高的智商，它迅速的穿越重重迷宫，轻松战胜了正接受实验考核的查理。
实验的开头很成功。查理像海绵吸水一样的汲取知识，并且迅速学以致用。变聪明的道路并不是一蹴而就，但对于熟悉他蠢笨摸样的人来说，已是光速。当查理不再是一个沉默的可以被忽视的随意开玩笑的面粉搬运工，他身边的平衡，无情的被打破。而他内心的平和，亦如石落水面，涟漪跌宕。
智障的人似乎天生就该被遗弃，被鄙视，被玩弄，被欺凌。当查理的记忆随着智商的提高不断清晰，当查理的知识渐渐膨胀得超过了身边诸人，当他从一个弱者，逐步变强，他应当如何与周围的人相处？周围的人又应该如何对待他？
阿尔吉侬只能孤独的在一个个迷宫里穿梭。它无法与别的老鼠接触。它已经成了一个异类。
查理。也是如此。
甚至连实验室的博士都开始对他有了几分忌惮，当他看懂那些深奥晦涩的实验数据和公式，当他也想参与到实验的理论研究中来，当他甚至可以明白连博士们都举步维艰的实验瓶颈问题出在何处。
当他，发现了实验致命的缺点。
查理的记忆清晰的让人发痛，掌管记忆的细胞忠实的记录了他不被父母妹妹接纳的点滴往事。当掩盖住回忆的浓雾完全散去，留下的是一幕幕似是而非的场景，原本和蔼可亲的同事脸上的微笑原来并不友善，那些以为是自己笨拙所犯下的错误却来源于刻意的捉弄。世界原来如此不美好，人，为什么要那么聪明呢？
阿尔吉侬该是多么孤独啊？它无法回到鼠群中去，没有朋友，无法交流。它辗转在一个个的迷宫中，纵使能快速的走出去，又能怎样？
查理发现自己爱上了凯尼恩小姐，然后迅速的淡漠了这份爱恋，因为曾经无所不知的凯尼恩小姐，已经无法理解他所表达的东西了。他只能跟阿尔吉侬聊天，因为他们本质上，都是一样的。
实验逐渐走向了查理的预测。阿尔吉侬的聪慧迅速的衰落。上帝不肯给予的东西，果然是不能随意触碰的。博士们尚未知觉，而查理只能眼睁睁的等待着已知的结局。阿尔吉侬在迷宫中迷路，死后，脑容量轻于手术前。
查理开始看不懂自己的日记。那些晦涩艰深的单词对他发出了嘲弄的拒绝。实验的缺陷终于曝光。那恍若流星一般的璀璨智慧终于如流星一般无迹可寻。他，只是查理高登，面包店的，面粉搬运工人。
周围的一切似乎都跟原来一样。只是，发生了查理不知道的一些事情吧？同事们似乎还是如此可爱和蔼，生活依旧是一成不变。他多么感谢好心的老板，他如此善待他。
偶尔，他还能想起自己似乎聪明过。他的记忆衰退的厉害。甚至忘记他已经不再是成人智障班的学员，忘记了凯尼恩小姐不再是他的老师。
他没有忘记阿尔吉侬，他只是不明白博士们为什么那么生气，也许他们需要多交一些朋友，这样他们就会开心了。他离开前，最后的愿望，是希望为阿尔吉侬献上一束花。
查理自始至终都如此孤独。当他智障，他被遗忘在面包店的角落，当他拥有智慧，他被隔离在世人带着警惕的仇视之外。唯一与他心灵相通的是阿尔吉侬。人世的迷宫不并容易穿越，当他以为自己看懂，却忘记了，他原本的愿望，是跟其他人一样。他始终无法融入，这不是他的世界。
缺乏温暖的人极力的渴望温暖，恰似飞蛾扑火，最终，焚身以火。
