第三章 微生物组学数据库和工具资源
微生物组学相关研究项目：
人类微生物组计划（Human microbiome project , HMP）目标是获得人类宏基因组测序数据，初期计划关注健康人群的微生物群落组成，第二期为综合人类微生物计划（integrative HMP ,iHMP）整合来自微生物和宿主的多组学数据，进一步研究微生物与宿主的相互作用。
人类肠道微生物组计划（metagenomics of human intestinal tract，MetaHIT；http://www.metahit.eu）MetaHIT首先建立了人类肠道微生物基因参考目录,目前共包括330万个基因,是人类基因数量的150倍。其次,MetaHIT 还开发了用于分析个体隐藏的肠道微生物基因的分子工具,以及解释异质性信息的生物信息资源,包括测序数据和临床元数据。此外,MetaHIT还开发了检测和分析微生物和人类宿主相互作用的方法。
微生物组学分析策略：
微生物组学数据库：
| 微生物组学数据库 | 名称缩写 | 功能 |
|---|---|---|
| 整合微生物基因组系统 | IGM | 注释、分析和管理微生物测序数据（http://img.jgi.doe.gov/） |
| 数据分析和协调中心 | DACC | 人类微生物组计划数据的存储中心 |
| 病原微生物资源整合中心 | PATRIC | 提供综合的病原体生物信息及分析（https://www.patricbrc.org/） |
| 微生物数据中心 | WDCM | 微生物系统保存机构 |
| 禽流感信息中心 | WAFI | 提供流感案例、序列数据和分析工具 |
| Dna条码数据镜像系统 | GMS-DBD | 促进分配和共享DNA 条形码信息 |
| 基因组在线数据库 | GOLD | 全世界已完成和正在进行的测序项目的数据及元数据（https://gold.jgi.doe.gov/） |
| 人体口腔微生物组数据库 | HOMD | 提供口腔微生物群落的全面信息（http://www.homd.org） |
| 核糖体数据库 | RDP | rRNA 系统发生树及序列比对和注释（http://rdp.cme.msu.edu/html） |
| Greengenes | Greengenes | 16S rRNA基因数据库（http://greengenes.lbl.gov ） |
微生物组学共具：
| 集成工具 | 功能 | 特点 |
|---|---|---|
| 1.RAST | 基因功能注释 | 产生并整合两类功能注释 |
| 2.MG-RAST | 管理和比较分析宏基因组数据 | 灵活、安全、数据共享 |
| 3.GCM | 细菌菌种管理和共享数据 | 搜索和统计分析功能 |
| 4.QIIME | 16SRNA分类鉴定 | 网络分析和可视化、交互界面 |
| 5.EBI-MG | 储存和分析宏基因组数据 | 质量控制、特征、分类预测 |
| 6.MEGAN | 分析宏基因组分类学和功能 | 分类、注释、比较、聚类和画图 |
| 7.CoMet2 | 基于蛋白质特征分析宏基因组 | 不需要注册，但没有数据保存功能 |
**RAST 使用子系统技术的快速注释工具 ** https://rast.nmpdr.org/，基于SEED的细菌和古菌全基因组注释的在线工具。（参考链接：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/108068084）
**MG-RAST 宏基因组学分析服务器 **(Metagenome Rapid Annotation using Subsystem Technology, http://metagenommics.anl.gov/)，是一个快速注释宏基因组样品的网页服务器。它可以分析序列片段的注释，他们的系统分类和初步的构建代谢途径。它也可以用来比较宏基因组数据的分类和初步代谢途径的构建。 (Reference: F. Meyer et al. 2008. BMC Bioinformatics 9: 386) （参考链接：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jqw3.html）
全球微生物菌种保藏名录（GCM，https://gcm.wfcc.info/）
**微生物群落以及微生物生态分析的主流工具体系 **（ QIIME http://qiime.sourceforge.net/）全称是Quantitative Insights Into Microbial Ecology，是由微生物组领域大神Rob Knight领导团队开发的微生态测序数据分析流程，于2010年发表在《Nature Methods》期刊上。9年来，该软件已成为微生物组领域最广泛使用的分析工具，引用量过万，更是在今年的6月17日，被《Nature》期刊评为近70年来人体微生物组研究的25个里程碑事件之一。
**欧洲生物信息研究中心(EBI)宏基因组网址（EBI metagenomics **, http://www.edi.ac.uk./metagenomics/）:EBI 搭建的分析和存储宏基因组数据的分析平台。
MEGAN是一个分析宏基因组分类学和功能 的独立下载软件包，目前已更新到第6版；http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan6/welcome/ 。（参考链接：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6e793aed0102v5ea.html）
宏基因组比较分析平台 CoMet2 ，http://comet2.gobics.de/ .一个分析平台，（参考链接：https://max.book118.com/html/2016/0510/42563121.shtm ）。
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