植物研究常用的数据库总结

1.基因组综合研究数据库

数据库 植物 网址
TAIR 拟南芥 http://www.arabidopsis.org/
SIGnAL 拟南芥 http://signal.salk.edu/
RARGE 拟南芥 http://rarge.psc.riken.jp/
Rice Genome Annotation Project 水稻 http://rice.plantbiology.msu.edu/
RAP-DB 水稻 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
SOL genomics network 茄科 http://solgenomics.net/
Gramene 禾本科 http://www.gramene.org/
GrainGenes 麦类作物 http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
SoyBase 大豆 http://www.soybase.org/
MazieGDB 玉米 http://www.maizegdb.org/
CyanoBase 蓝细菌 http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/
GDR (Genome Database for Rosaceae) 蔷薇科 http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/
Brassica Genome Gateway 芸苔 http://brassica.bbsrc.ac.uk/
Cucurbit Genomics Database 葫芦科 http://www.icugi.org/
Phytozome 植物 (全基因组信息) http://www.phytozome.net/
PlantGDB 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.plantgdb.org/
EnsemblPlants 植物(全基因组信息) http://plants.ensembl.org/index.html
ChloroplastDB 植物(叶绿体基因组) http://chloroplast.cbio.psu.edu/
KEGG PLANT 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.genome.jp/kegg/plant/

2.转录因子数据库

Database URL Species
RARTF http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ 拟南芥
AGRIS, AtTFDB http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/ 拟南芥
DATF http://datf.cbi.pku.edu.cn/ 拟南芥
DRTF http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ 水稻
DPTF http://dptf.cbi.pku.edu.cn/ 白杨
TOBFAC http://compsysbio.achs.virginia.edu/tobfac/ 烟草
SoybeanTFDB http://soybeantfdb.psc.riken.jp/ 大豆
PlantTFDB http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ 22种植物
PlnTFDB http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/ 20种植物
GRASSIUS, GrassTFDB http://grassius.org/grasstfdb.html 玉米、水稻、高粱、甘蔗
LegumeTFDB http://legumetfdb.psc.riken.jp/ 大豆、百脉根、蒺藜苜蓿
DBD http://dbd.mrc-lmb.cam.ac.uk/DBD/index.cgi?Home 多于700物种

转载自https://www.lifeomics.com/?p=24759
在线做GO、KEGG富集分析,查找同源基因工具,(支持ensembl上的物种)

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