1.基因组综合研究数据库
| 数据库 | 植物 | 网址 |
|---|---|---|
| TAIR | 拟南芥 | http://www.arabidopsis.org/ |
| SIGnAL | 拟南芥 | http://signal.salk.edu/ |
| RARGE | 拟南芥 | http://rarge.psc.riken.jp/ |
| Rice Genome Annotation Project | 水稻 | http://rice.plantbiology.msu.edu/ |
| RAP-DB | 水稻 | http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ |
| SOL genomics network | 茄科 | http://solgenomics.net/ |
| Gramene | 禾本科 | http://www.gramene.org/ |
| GrainGenes | 麦类作物 | http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml |
| SoyBase | 大豆 | http://www.soybase.org/ |
| MazieGDB | 玉米 | http://www.maizegdb.org/ |
| CyanoBase | 蓝细菌 | http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/ |
| GDR (Genome Database for Rosaceae) | 蔷薇科 | http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/ |
| Brassica Genome Gateway | 芸苔 | http://brassica.bbsrc.ac.uk/ |
| Cucurbit Genomics Database | 葫芦科 | http://www.icugi.org/ |
| Phytozome | 植物 (全基因组信息) | http://www.phytozome.net/ |
| PlantGDB | 植物(全基因组或/大规模 EST信息) | http://www.plantgdb.org/ |
| EnsemblPlants | 植物(全基因组信息) | http://plants.ensembl.org/index.html |
| ChloroplastDB | 植物(叶绿体基因组) | http://chloroplast.cbio.psu.edu/ |
| KEGG PLANT | 植物(全基因组或/大规模 EST信息) | http://www.genome.jp/kegg/plant/ |
2.转录因子数据库
| Database | URL | Species |
|---|---|---|
| RARTF | http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ | 拟南芥 |
| AGRIS, AtTFDB | http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/ | 拟南芥 |
| DATF | http://datf.cbi.pku.edu.cn/ | 拟南芥 |
| DRTF | http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ | 水稻 |
| DPTF | http://dptf.cbi.pku.edu.cn/ | 白杨 |
| TOBFAC | http://compsysbio.achs.virginia.edu/tobfac/ | 烟草 |
| SoybeanTFDB | http://soybeantfdb.psc.riken.jp/ | 大豆 |
| PlantTFDB | http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ | 22种植物 |
| PlnTFDB | http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/ | 20种植物 |
| GRASSIUS, GrassTFDB | http://grassius.org/grasstfdb.html | 玉米、水稻、高粱、甘蔗 |
| LegumeTFDB | http://legumetfdb.psc.riken.jp/ | 大豆、百脉根、蒺藜苜蓿 |
| DBD | http://dbd.mrc-lmb.cam.ac.uk/DBD/index.cgi?Home | 多于700物种 |
转载自https://www.lifeomics.com/?p=24759
在线做GO、KEGG富集分析，查找同源基因工具，（支持ensembl上的物种）
