今天在运行 bwa mem 命令时，出现如下错误提示：
bwa mem -t 50 ref.fa $i ${i%%_R1.fastq.gz}_R2.fastq.gz > ${i%%_R1.fastq.gz}.sam
[bns_restore_core] Parse error reading ref.fa.amb
报错是因为 ref.fa 文件里存在着空格、空行，一般是出现在> 行。
这其实是一个很小的问题，但是很容易忽略，特别是分析一个新物种的时候。以前也遇到过几次类似的问题，都是因为基因组文件中含有空格而报错。
解决方法
- 既然原因出现在
> 行，那么每行只保留第一个字段的话，也等价于删除空格了。
代码如下：# 选择空格分隔的第一列作为名称 awk '{print $1}' ref.fa > ref_awk.fa - 那问题不是出现在
> 行呢？将所有空格替换就行了，这种解决方法可以覆盖上一种方法，但是会造成> 行很长且难读，所以建议用第一种方法。
代码如下：sed -i 's/\s*$//g' ref.fa
最后再重新建立索引、比对就可以了。
