大多数二型限制性内切酶的识别序列是回文的,而且是特定的碱基序列。然而有些限制性内切酶具有简并性识别位点,也就是说识别位点中有一个或以上的碱基对是非特异的(例如:BsrfI识别5’RCCGGY, R=A/G, Y=C/T)。对于这样的具有简并性识别位点的限制性内切酶,只要是符合要求的序列皆能被识别并且被正确地切割(例如5’ ACCGGC, 5’ ACCGGT, 5’ GCCGGC, 和5’ GCCGGT,其中两个并不是回文的,仍然能被BsrFI识别并且切割)。

限制性内切酶简并性识别位点
大多数二型限制性内切酶的识别序列是回文的,而且是特定的碱基序列。然而有些限制性内切酶具有简并性识别位点,也就是说识别位点中有一个或以上的碱基对是非特异的(例如:BsrfI识别5’RCCGGY, R=A/G, Y=C/T)。对于这样的具有简并性识别位点的限制性内切酶,只要是符合要求的序列皆能被识别并且被正确地切割(例如5’ ACCGGC, 5’ ACCGGT, 5’ GCCGGC, 和5’ GCCGGT,其中两个并不是回文的,仍然能被BsrFI识别并且切割)。