空间转录组-如何手动选择区域

通常的空间转录组分析是基于降维聚类划分cluster，再进行cluster细胞注释。或者使用反卷积工具与单细胞转录组联合分析得到spot中细胞比例分布。
但是，如果我们想要根据HE染色片子来划出感兴趣的区域，该如何去操作呢？

1、从10x官网下载并安装Loupe Browser

2、打开Loupe Browser，导入loupe文件，loupe文件为cellranger分析结果，一般名为cloupe.cloupe

3、按如下操作方法选择目标区域并导出表格

• 选择区域，起个名字

  
  
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• 导出选择区域的barcode和刚刚给定的标签

  
  
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• 此时会出现一个弹窗，选哪个都可以

  
  
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• 保存文件到你的本地电脑上

  
  
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完成！
接下来就可以加到Seurat对象中啦～想怎么捣鼓怎么捣鼓啦～～
开不开心！