psspred

目前只能在冬神的电脑上面跑，而且还需要下载nr数据库，非常非常麻烦。
我需要想一个办法把数据库下载ok

PSSpred的数据预处理:首先将一个个文件分割成小文件进行处理

import sys
import os
f = open(sys.argv[1])
h = f.readlines()
length = len(h)
j=0
for i in range(length):
    if h[i][0]=='>':
        pro = h[i][1:-1]
        j=j+1
        if not os.path.exists('input/'+sys.argv[2]):
            os.mkdir('input/'+sys.argv[2])
        fw = open('input/'+sys.argv[2]+'/'+pro.replace("|","-")+'.fas','w')
        fw.write(h[i])
    else:
        fw.write(h[i])
       

然后再写批处理文件进行批处理：

#!/bin/bash
start=`date +%s` #定义脚本运行的开始时间

for file in ~/huangle/fungi_annotation/fungi_data/*
do
{
python split.py $file ${file##*/}


        echo 'success split '$file' !';
 }&
done
wait
end=`date +%s`

echo "TIME:`expr $end - $start`"