天启六年八月，给辽东带来无尽灾难的努尔哈赤病亡，结束了他罪恶的一生。其第八子皇太极接继了汗位。对于明朝来说皇太极是个比努尔哈赤更可怕的敌人。
努尔哈赤称汗反明后，迅速获取了辽东的大量土地。如此广大的地盘，加上女真稀少的人数，无论是管理、还是经营都需要借助辽东汉人。努尔哈赤却坚信“非我族类，其心必异”，出于极度的不信任他选择了对辽籍汉人实行“抗拒者被戮，俘取者为奴”的野蛮奴隶政策。
这一政策导致广大辽人与后金政权离心离德，而处于后金后方的毛文龙借机大量的策反辽人与后金进行斗争。在毛文龙的领导下，后金控制区的辽人大量逃亡、起义、诱杀后金官员、在食物里掺入毒药，搞得后金陷入极度恐慌之中。
面对这种局面努尔哈赤并没有尝试缓和矛盾，反而愈发地对辽东汉人不信任。要求女真人平时要严加防范汉人，并收缴汉人的武器。解决不了问题，就开始屠杀。先是局部报复性的屠杀，然后是对一个地区进行屠杀，最后是对整个辽东的汉人进行无差别屠杀。残酷的屠杀让投降的汉人、汉官都觉得朝不保夕，逃亡、起义愈发严重。
而毛文龙也依托朝鲜和海路不停的袭扰后金空虚的之处，后金也被搞得苦不堪言。面对这两重压力，后金不得不放弃辽南沿海地域，向内收缩。努尔哈赤攻打宁远取得大胜很快就撤退，有一个重要原因就是害怕毛文龙乘机袭扰后方。
在努尔哈赤生命的最后两三年辽东是一个比较奇怪的局面，军事上后金彻底压制着辽西的明军，但后金在辽东的统治却已经岌岌可危。而皇太极彻底改变了这一局面，因为他是一个合格的政治家。
皇太极称汗后，也没做什么特别的事情，只是放弃了努尔哈赤的奴隶政策，给予大量汉族奴隶“民户”的地位，善待逃人、放宽惩治，并鼓励汉人从事农耕，一切都以保障生产为出发点。
短短两个月，辽东的形势就有了巨大变化，逃亡、起义锐减，针对后金的暗杀、投毒也少了很多。原因无它，那个时代的普罗大众只求能安稳生活、吃饱肚子。何况他们为明朝付出那么多，明朝却不能保护他们，又凭什么要求他们继续为明朝尽忠呢？
皇太极稳定内部之后，就把目光放在了毛文龙身上。在他看来后金要想继续壮大首先就得消灭依托朝鲜的毛文龙。但是皇太极也很清楚后金没有两线同时作战的能力，所以他只能等待机会。
努尔哈赤死讯传来时袁崇焕已官升至都察院右佥都御史、兵部右侍郎、辽东巡抚，对于辽东事务已经有了相当的话语权。袁崇焕也不等朝廷回复就以探听虚实为由向沈阳派出了一个吊唁团。皇太极正想找机会稳住辽西明军，于是就高规格接待了访问团，送了大量礼品，表达了自己想要议和的意思。
而袁崇焕也想借机加固关宁防线，更重要的是他想在锦州筑坚城以拱卫宁远。各怀目的的两人一拍即合，就真的一本正经地谈了起来。天启七年正月，皇太极一面派使者方吉纳、温塔石给袁崇焕送书信，一面命二贝勒阿敏，贝勒济尔哈朗、阿济格、杜度、岳托、硕讬发兵入朝大举攻打毛文龙。
这里有个问题皇太极为什么就笃定袁崇焕不会趁机进攻？我觉得他是不能笃定，皇太极就是在赌，如果攻打毛文龙时袁崇焕发大军来攻，那他就退。为什么要赌？因为不赌他也没办法打破两线夹击的僵局，与其坐以待毙，还不如搏一把。事实证明皇太极赌赢了。
后金军攻入朝鲜后，朝鲜方面和毛文龙都向朝廷发出要求策应、救援的文书。面对朝廷“且令以关宁之师直捣虎穴”的严令，袁崇焕坚决不同意发兵策应，他上疏辩解说后金发十万攻打朝鲜，还有十万在家防守，后金一点都不空虚，这个时候率军去攻反而落入后金以逸待劳的圈套。袁崇焕这就是故意揣着明白装糊涂，他到辽东也不是一天两天了，后金正规军十万都不到他怎么可能不知道，就是不想出兵罢了。
实际上袁崇焕也不傻，他很明白皇太极并不是真的想议和，他也不是看不出后金攻击毛文龙和朝鲜的目的。他只是觉得毛文龙的价值不如在锦州竖起一座坚城。现在后金急于攻击毛文龙和朝鲜，他不光可以修筑锦州城还可以修大凌河、小凌河等城，一次性把防御线再前推二百里。
袁崇焕这埋头只顾修城，毛文龙就麻烦了，后金涌入朝鲜后将朝鲜军和东江军打得溃不成军。毛文龙的亲属大部分驻留在铁山，差不多被后金杀害殆尽。危局下毛文龙连连向朝廷告急，并向朝廷再次禀告，后军大军目前都在攻打朝鲜和东江军，留在辽沈的兵马不足一万，这是辽西明军进击的大好时机。
但是袁崇焕还是拒不出兵，辩解正在修筑的锦州三城无比的重要，一旦建成收复辽东即可望，现在他们正在攻击朝鲜，正是全力筑城的大好时机。又称已经在三城之间播种屯田，如果不筑城守卫，那么屯田所得就等于送给后金了等等，总而言之东江和朝鲜没有这三城重要。
兵科给事中李鲁生气愤地斥责他被后金玩弄于股掌之中，朝中官员弹劾袁崇焕的声音日盛。迫于压力，袁崇焕派了一支数千人的队伍前去策应，然后队伍到了三岔河后就不动了，摆明了不愿意出兵。王在晋慨叹道：“辽抚援鲜，布置极其可观。乃官兵望河而止，此真为纸上之兵也。辽兵果可用耶？”
由于没有援助，到了三月抵抗不住的朝鲜向后金投降，明帝国在辽东失去一个重要的战略盟友。毛文龙的东江军也被迫放弃了朝鲜的屯田、据点，退出了朝鲜半岛。因为失去了粮草供应基地，东江军只得依靠朝廷发饷和自己搞走私贸易来贴补军需，这也导致后期朝廷与东江军矛盾加剧，以至于最后爆发自毁长城的惨剧。
打服朝鲜、重创东江军，解除了后顾之忧的皇太极很快就锁定了下一个目标：宁远。他还写了封信给袁崇焕，大意就是，你一边派人跟我议和，一边又修城，到底是什么意思？分明就是诈称议和，乘机筑城，无心和平，一意想动兵伐我，我不会让你的野心得逞。
被倒打一耙的袁崇焕算是看清了皇太极的嘴脸，哀叹：
“奴子妄心骄气，何所不逞，我准备联合蒙古人，给蒙古人送钱送物，他即攻蒙古人而伐我之交。我准备借朝鲜人替我在后方作为牵制，他攻朝鲜而让我的凭借落空。我准备借和议之机修筑大凌河、锦州以扼其咽喉，其则分入侵朝鲜之兵来阻挠我筑城。著著皆狠，而著著不后！”
天启七年五月初六，皇太极率军出发，初十到达广宁，第二天就发动大规模进攻。结果明军很快就放弃了大凌河、小凌河两城。牺牲朝鲜、东江修的三城转瞬就只剩锦州孤城了。
镇守锦州的是总兵赵率教，面对来敌，他并不畏惧，同总兵左辅、副总兵朱梅，力督各营将领沉着应战。但是皇太极并不想去硬攻坚城，他想通过围困锦州来实施围城打援的战术，将明军援军歼灭于野战中，当明军无援军可用时再回头逼迫守城明军投降。这一战术可谓是后金对付明军的老战术了，但明军却一直没有有效的破解之法。
之前袁崇焕拼命修城的时候就有人问他，修出来的都是孤城，如果后金派大军围困这些孤城，那明军该怎么应对？当时袁崇焕颇为自信地说：“逐步而前，更迭进取。战则一城援一城；守则一节顶一节。步步活掉，处处坚牢。守关与复地不得分作两截功夫。”
等到后金真的来围城了，他却将所有兵力收缩在宁远一城，至于锦州的生死，只能听天由命了。而他上疏向朝廷解释说：
“贼奴围锦州甚为严密，关宁精兵已被贼军拦断两处，贼奴有累胜之势，而我在积弱之余，十年以来战栗畏敌，如今仅能办一‘守’字。责之赴战，力所未能。而宁远、松山、杏山、塔山四城为山海关之藩篱，如若宁远有失，则山海关必定震荡，可谓天下安危所系，故臣不敢以四城之兵而远救锦州。”
赵率教坚守了几日，发现没有援军赶来，就开始不停的写信向袁崇焕求救。挨不住求援的袁崇焕派了四千人由尤世禄、祖大寿率领前去救援，结果这批援军刚和后金军接触就一哄而散。
救援失败后，袁崇焕就有些乱了方寸了。向朝廷上了个奏疏，先是说夏天快到了，天气一热，建奴就挨不住，到时候我们联合蒙古人就可以击溃他们。接着又说万一锦州陷落，宁远就会被包围，现在应该抓紧调蓟镇、宣府、大同的兵到山海关，准备出关援救。这已然是觉得守不住锦州了。
然后袁崇焕就抛出了一个大计划，他觉得于其坐看锦州、宁远陷落，建奴围攻山海关，还不如现在就发大军出关决战锦州。他要求朝廷将保定、蓟镇、宣府、大同，甚至包括京营的军队都投入进来，只要“拼此三万五千人以殉敌”，就可以战胜建奴了。
蓟辽总督阎鸣泰痛骂道：
“锦州地处偏僻，原非扼要之地。当日讨论修建已属失策，如今竟要以此区区弹丸之地而挠动乾坤半壁，就算侥幸取胜，也是岌岌乎危及天下。窃认为，今日锦州只可悬为虚著，万不可堕为实著，只可设为活局，万不可拘泥为死局。”
辽东镇每年消耗几百万军饷，占了帝国全部军饷的绝大部分，结果开战马上就要求全国一半的主力来支援，不知到底怎么想的。
至于袁崇焕那一句“拼此三万五千人以殉敌，则敌无不克”，阎鸣泰更是指出了他的荒谬，打仗时说拼就拼，说赢就赢的？萨尔浒时明军集中了西北精锐，还是败了，现在的军队还不如萨尔浒那阵，拿什么去拼去赢？而且你袁崇焕前一个奏疏还说，“责之赴战，力所未能”，转眼又欲决一死战，是明知不可而在冒险赌命了。
这个时候又有朝臣说，如果能下令毛文龙联合朝鲜，走海路攻击建奴后方，即可挽救危局。然后朝鲜已经投降。
最后讨论的结果就是袁崇焕的策略不靠谱，目前不能从外调大军去援救。袁崇焕此时觉得非但锦州没救了，宁远也快步锦州后尘了。然而奇迹发生了，没几天后金主动撤军了。原因不复杂，毛文龙又在后金的后方捣乱了。
朝鲜投降后，就协助后金围攻了东江军所在的铁山、义州，两地均被攻克。不过毛文龙因为得到情报，提前将主力转移到云从岛，东江军军队损失不大（但是依附东江军的平民、家属损失严重，仅毛文龙的家属就有三百七十多口被屠杀）。
随后毛文龙又在云从岛抵抗住了后金阿敏的进攻，阿敏又迁怒朝鲜不协助，转而劫掠朝鲜义州、安州并向朝鲜王京移动，朝鲜王只好向明帝国请罪并请求援助。天启下诏要求毛文龙不计前嫌救援朝鲜。
毛文龙奉诏开始反击后金，战斗非常惨烈，双方在双方在宣州、义州一带反复拉锯，随着天气转暖，河冰解冻，战事开始有利于水军占优的东江军。东江军依靠河流，多次重创后金，并在千家庄、瓶山一带与后金主力大战，取得瓶山大捷。
后又在鸭绿江截杀返回的阿敏，五战五胜，并将战线推回辽东。现在，皇太极尽发主力攻打锦州，毛文龙又尽出精锐袭击昌城、辽阳。皇太极由是被迫撤军。
看看袁崇焕怎么说的：“孰知毛文龙径袭辽阳，旋兵相应，使非毛帅捣虚，锦宁又受敌矣！毛帅虽被创兵折，然数年牵制之功，此为最烈！”
宁锦大战（也有人说是宁锦大捷）就这么落下帷幕，战后复盘，御史纷纷弹劾袁崇焕，天启批复为：“袁崇焕暮气难鼓，物议滋至，已准其引疾求去。”刚刚高光的袁崇焕就这么下岗了。
