剖腹产出生婴儿与自然分娩出生婴儿的微生物菌群截然不同，自然分娩出生的婴儿体内含有更完善的早期细菌。
剖腹产出生的婴儿可能缺少30%的微生物组。对于免疫系统的完整性，以及内分泌系统造成先天的影响，理应设法补充和纠正。
婴儿早期微生物是免疫系统的恒温器，对其自身免疫系统训练区分敌我起着至关重要的作用。
从婴儿离开温暖的子宫来到这个世界开始，就通过自身构建属于自己的免疫系统。在这一过程中，新生儿体内一种叫做血清免疫球蛋白的物质是其中关键。但新生儿生产血清免疫球蛋白的能力较弱，存在于其体内的血清免疫球蛋白大多数来源于母亲！来自于顺产及母乳喂养。
对产妇而言，剖腹产可能产生的风险也不容忽视。
剖腹产的手术过程比较复杂。医生需要数刀一层层地切割打开产妇的子宫，手术过程中造成的出血量会远远大于顺产，甚至存在引发大出血的风险。从子宫中取出小生命后，医务人员还需要对伤口逐层进行缝合。
而在手术过程中，身体为防止大出血，血液中的血小板会大量增加，血液变得粘稠，处于高凝状态。但这样也会让产妇在手术结束之后面临深静脉栓塞的考验，这是血液过于凝固时可能出现的高风险事件。由于手术对身体伤害较大，与产后第二天就可下地轻微活动的顺产产妇相比，剖腹产产妇的身体恢复周期一般较长，在能够活动之前的这段时间，出现深静脉栓塞的概率会与日俱增。
切口妊娠、复壁子宫内膜异位、腹腔粘连也都是剖腹产手术后可能出现的现象。其中切口妊娠会影响二次怀孕，而复壁子宫内膜异位、腹腔粘连在严重情况下，可能还需要手术治疗。
剖腹产产妇手术部位的软组织大面积挫伤，腺体遭到破坏，身体状况很难再恢复到怀孕以前的水平；而顺产产妇的自我修复能力强于剖腹产产妇，通过运动、膳食补充规划，可以获得更好的修复效果。
目前中国的剖腹产率已有泛滥之势。
公开数据显示：中国以47%的剖腹产率，稳居世界第一。而世界卫生组织对剖腹产率设置的警戒线为15%，大部分西方发达国家数据均低于警戒线标准，日本剖腹产率只有7%，与我国形了鲜明对比。
“我国剖宫产率的升高，主要由于孕妇对分娩情况认识不够，很多人害怕生不下来，最后还是要手术，要受两次罪；或者担心顺娩后阴道松弛影响以后性生活，种种原因致使剖宫产率无法降低。
