Heffner, E.L., Lorenz, A.J., Jannink, J.-L., and Sorrells, M.E. 2010. Plant Breeding with Genomic Selection: Gain per Unit Time and Cost. Crop Sci. 50(5): 1681. doi:10.2135/cropsci2009.11.0662.
计算对选择的响应
使用单变量和多变量（Cochran，1951; Utz，1969）形式的经典育种方程来确定上述每个程序的预期遗传增益。单变量种鸡的方程被用于GS-BP，因为它们只包括一个选择阶段。期望的遗传增益可以表示为R = irTA，其中R是对选择的响应，i是选择的强度（所选择的个体以表型标准偏差为单位的平均偏差），rA是选择准确度，TA是育种值的标准差（Falconer和Mackay，1996）。选择准确性等于选择标准和育种值之间的相关性（即，表型或GEBV与真实育种值[TBV]之间的相关性）。在表型选择上，rA等于狭义遗传力（h）的平方根。本文将使用选择准确性来描述表型，GEBVS或其组合预测TBV的能力。
为了计算涉及多个选择阶段的MAS-BP的预期遗传增益，使用如Tomerius（2001）中所描述的由Cochran（1951）最初由Utz（1969）推出的两个阶段和扩展到三个阶段的精确公式。除了决定单一选择阶段的预期反应的参数之外，多阶段选择取决于每个阶段选择标准之间的相关性（Tomerius，2001）。 Wricke和Weber（1986）提供了从多个选择阶段计算预期收益的详细描述。我们编写了R程序（R开发核心团队，2009），涉及R package mvtnorm（Genz et。al。，2009），以数值方式确定阶段2和3的多元分布的截断点。Bulmer的递归方程（Bulmer，1971 ; Falconer和Mackay，1996）迭代，直到遗传变异达到平衡。平衡遗传方差被用来计算遗传增益。
