是的，可以通过网上系统提交勘察设计资质的申请。根据中华人民共和国住房和城乡建设部的规定，自2016年1月1日起，涉及住房城乡建设部审批的工程勘察设计资质的新申请、升级、增项、延续和重新核定事项都须通过建设工程企业资质网上申报和审批系统进行申报。
此外，各地也相继推行了电子化申报和审批系统。例如，广西壮族自治区从2022年2月15日起要求通过其“桂建云”平台上的“行政审批系统”进行电子化申报；辽宁省也在2025年初发布了关于实施勘察设计企业资质电子化申报和审批的通知。
因此，如果你打算申请工程勘察设计资质，应该查询并遵循你所在地区住建部门的具体规定，并使用相应的在线系统完成申请流程。同时，请注意，对于某些特定行业的工程勘察设计资质（如铁路、交通、水利等），可能暂时不实行网上申报和审批，这种情况下需要按照传统方式或特别指示进行操作。
