DAT3--linux环境下的软件安装

软件管理

conda，miniconda（精简版本），作用相当于应用商店

取自：生信星球

miniconda下载

• 查看服务器：输入命令 uname -a
• 清华镜像查找对应最新版本
• 复制下载链接(此处用https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
• 登陆服务器，进入相应目录（cd directory）：wget 复制的下载链接

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

miniconda安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装一路回车回车，yes，出现“Do you accept the license terms? [yes|no]”表示开始安装
Thank you for installing Miniconda3!
出现即为安装完成，记得激活↓
source ~/.bashrc
验证，出现满屏的信息说明成功
conda

不成功就将miniconda这个目录删除，然后从“怎么安装miniconda”开始重来！
注意不要删除安装包，要不还得浪费时间在下载上。

添加镜像：用于加速起飞

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

miniconda使用

conda list # 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda search fastqc #搜索conda软件，最后为软件名
onda install fastqc -y #安装conda软件，-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes
conda remove fastqc -y #卸载
conda info --envs #查看当前conda环境，带*的就是默认的
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda info --envs #再次查看环境，应该多出一个rna-seq，但是默认没变
conda activate rna-seq #激活环境，*号移到rna-seq前，并且用户名root前面出现(rna-seq)
fastqc #出现下面的一大片信息就说明可以使用了
conda deactivate # 退出当前环境退出当前环境

conda环境的理解
生信实战中涉及多个项目不同软件，软件之间的结合也需要版本要求，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本
--办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。