梳理研究物种中某基因家族成员鉴定的过程

数据准备：

1.下载物种的基因注释文件、cds文件、以及蛋白质文件。(NCBI、Ensemble、phytozome(JGI)进行下载，具体下载方法可参考：下载研2.究的基因家族的隐马可夫模型。(Pfam中进行下载)

梳理流程：

1.查看自己物种的注释文件、cds文件、以及蛋白质文件。我以石榴为例子。

2.hmmer搜索

3.利用E-value值筛选hmm结果文件

4.利用SMART、NCBI、pfam手动确认结构域

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