OncoBase: a platform for decoding regulatory somatic mutations in human cancers
笔记:
TCGA 、ICGC、COSMIC somatic突变
clinVar 临床突变
QTL:eQTL hQTL mQTL dQTL
体细胞突变频率????
3DIV、EpiTensor、JEME、4DGeneome、GeneHancer-------Loop
Tss -- enhancer Tss -- Tss enhancer -- enhancer
chormHMM 用隐马模型25个状态确定区域活性
Download
SELER (Super enhancer associated lncRNA directed transcriptional regulation in human cancer)
笔记:
1、SE转录的lncRNA调控下游基因(顺式)
2、SE与LncRNA结合在细胞核内作用调控下游基因(反式)
Triplexator软件找到DNA绑定RNA
例如:SE与LncRNA结合
Download
文章思路很新颖 但是细节方面没有创新,应该在结合区域继续探索发现结合区域上TF等调控元件