小说从废弃大楼的一具尸体为开头，引发出后来的一桩桩悬案。中学时代的桐原亮司和西本雪穗在图书馆相遇，同样糟糕的家庭让他们不约而同的到躲到这里来寻一份清净，慢慢地彼此有了一份单纯而懵懂的情愫。亮司的母亲和店里掌柜偷情，因为父亲是个恋童癖，雪穗的母亲因为无力养育女儿，将雪穗介绍给亮司的父亲。亮司在废弃大楼的地下管道目睹了父亲对雪穗做的事，因为愤怒杀死了自己的父亲。随后雪穗帮助母亲完成了“自杀”。从此，他们相生相伴，若即若离。在他们的眼中没有太阳，一直都是夜晚，但却不暗淡，因为有能代替太阳的东西。
白夜行的主角有两人：男主桐原亮司和女主唐泽雪穗.一个在明，一个在暗。雪穗，几乎人人都惊叹她的美丽外表，外表完美无瑕，举止礼貌得体。但由于小时候遭到亮司父亲的侵犯，内心有一丝黑暗存在。因此，她会嫉妒优秀的女生，凡是接触到这些女生，都会遭到她的报复。同时，私下为亮司提供机密资料赚取金钱。亮司，完全不讨人喜欢，每次出场也净干些不干净的事情。他最初利用警察的疏忽和母亲以及店员的假口供，成功隐瞒了杀死父亲的事，自己逍遥法外，并且努力做各种非法勾当牟取金钱。
但是只要是人的话，还是会向往阳光吧。这一点，从雪穗对一成隐约的爱意就可以感受到：一成也许对雪穗来说是特别的，从来都是焦点的她，被忽略冷落。反而是身边朴素的川岛江利子获得了一成的青睐。比起假面的华美，这个男人更喜欢纯洁朴实，而这恰好是雪穗没有的东西。于是对雪穗来说，这个男人也许可以让她揭下面具，去真实地爱，真实地拥有太阳，拥有白天。可是最后，事情没有往这个方面发展。雪穗的阴暗面让一成退避三舍。于是她也只能继续走自己的夜路。直到亮司在结局的时候死在自己面前，她的世界才轰然倒塌——她一直以为自己的夜路是被恨意所照亮，却忽略了天空中并不太明亮的月亮。
随着故事的进展，我们渐渐明白了，亮司所作所为，都是为了那个女子，所有会弄脏自己的行为，都由他来接手。从一开始的刺杀自己的父亲，解救雪穗开始。他也获得了雪穗的帮助，但是说到底，一个是舍命守护，一个则把对方看作生存的依赖。
永远都在暗处，默默地守望着对方.这又是为了什么?是替父亲的赎罪吗?不，完全说不通。无论是他对父亲的厌恶程度，还是他早已还了数倍的报偿。那么是为了自己的前程?但是他却把自己置于危险的地带，并且轻易抛弃安稳的生活。其实，是爱吧!
雪穗和司亮都深知他们自己的命运。而且无法返回白天了，只好在白夜里继续行走。心知肚明自己走的是什么路，而且无法回头。
结局一直守护着枪虾的虾虎鱼坠楼用剪刀自杀。雪穗依然面不改色，留下一个倩影上楼去了。
或许因为虾虎鱼生命的终结，这一系列的命案也都是一个终结。我想，或许还是拿雪穗没有办法，她一直是在夜晚的，杀戮也好，摧毁心理防线也好，都是司亮去做的。唯一确信的是，没有了互利共生，雪穗或许会一直生活在黑夜中了。
