生物信息-程序学习

作为本科学生物,后来转行生物信息的人,经常会被人问起,为啥学习生物信息了呢?这背后通常会带着一些困惑,生物信息分析好不好学?

我读书的时候,实验室纯计算机出身的人员只占很小比例,更多的是大学期间学生物的;特别的,有个做的挺好的师兄,本科是商科出身。从这来看,像我这样本科学生物转行生物信息还不算是有跨度的。这也从一个侧面说明,专业背景不是能否学好生信的决定因素。

想想自己大学开始自学生信的时候,可以说是一头雾水,只知道先学习编程,查了查资料,是要学习perl语言,但是不知道要在什么地方写,怎么去运行。费了些劲,在windows上安装好perl,写个文本文件,改下后缀,发现文件的图标变成了perl的图标,双击就可以运行了,不会写命令行参数,不会输出重定向,一种傻呵呵的体验。

后来接触了Linux系统,体验到在终端输入命令的快意,才找到了编程的感觉。不过,深深印在脑海里的还是作为一个生信小白的时候,写一个程序不知道在哪写,在哪运行。看过不少的教程都默认学习者会打开终端,会使用终端,会在终端运行命令。而我却是个例外,什么都不会。程序可以照着教程写下来,却不知道怎么运行。所以在我后来写python教程的时候(后台回复python可获取),第一部分就是介绍程序在哪儿写,在哪儿运行,怎么运行。(最开始学习perl,在研一时在QQ群一个同一大学学长的忽悠下,尝试了下python,那时有些编程基础,寒假在家看了遍《python简明教程》就可以写了,以后也就习惯了这个语言)。

我个人是个理解能力比较差的,尤其是在接触新的领域时,阅读不少教程,总觉得这些教程都是给有些基础的人写的,自己去学习时,需要多方尝试,多多综合,才能找到门路。为了方便自己学习,也为了记述学习过程,就开始写博客去记录,力争从一个小白的视角、从最基础的角度去写作,记述哪怕是最简单的一步操作,一个错误,提供一个近乎人人可以直接上手的教程

(比如虚拟系统Docker的使用教程和任务流控制管理的Airflow教程,这些文章被转载后,在同一平台相比于同类的教程阅读量多了10倍,我想这正是因为简单、可操作,为初学者接触这些工具提供了最大的便利)。

在初步知道程序语言怎么运行并能成功运行完示例后,就要系统地读一本简明教程;简明的教程不多见,因为一般的教程都涵盖的面比较广,而我们初期只需要关注最基本的就好

(所以我提取了我个人认为比较重要的基础内容,形成教程),可以找本经典书,请身边朋友划下重点,先从头到尾读一遍,不管理解多少,然后再读一遍。读不下去,就抄写一遍。最好的自学方式就是守住一本教材,一遍一遍地去读去熟悉,每看一遍都会有一些了解,从陌生到熟悉,慢慢就串起来了。然后就开始自己去写代码,代码就是我们思想的体现;我在教人写代码时,总会让他先描述下如果没有程序,我们自己是如何一步步的手动处理这个问题的,模拟的是程序运行的过程。理清一遍思路之后,怎么想的就怎么写,只要你敢写,就成功了。

当然这个时候一般会遇到初学者经常犯的错误,写完代码,觉得自己写的很对,但运行时却总是提示错误。绝大多数情况下,错误是我们自己写作的错误;起码在最开始时,要相信是自己的错误,不是程序语言设计的错误。错误的种类就这么几种,比如引号未配对、缩进不对、少了空格、文件名不对、变量名字不一致等。这时需仔细看屏幕提示的错误信息,在提示的错误行附近反复去查看。在之前的python教程和后续的文章中,都有或会提到经常出现的错误和解决办法。

能让程序提示的错误都算不上大的错误,而程序运行成功,不等同于程序的逻辑是对的,获得的结果是对的。程序是我们设计的,多数情况,我们对程序的输出结果是可以预估和判断的,不符合预期的结果是我们最应该慎重对待的。

在能独立写作程序后,一方面是学以致用,在解决问题中逐步学习;这时谷歌是你最好的帮手,把你遇到的错误或想解决的问题的关键字提取出,一键搜索,可以帮你解决大部分问题。另一方面,则是去学习别人的代码、学习初学时跳过的内容,利用社区中提供的优秀的模块或包来简化、加速自己的操作。入了门,就不需要像刚开始时,什么操作都自己去写了,俗语叫“自己造轮子”;可以用很多经验更丰富的开发人员做好的轮子解决我们的问题。

关于学习周期,如果能静下心去学习的话,1个月的时间是足够的。如果不时还能有人给你点播,2-3周就差不多了。关键的关键是去背、去抄,书读百遍其义自见。

生信宝典至今除了写文章,也能提供些帮助。

程序学习心得

生物信息之程序学习

Linux 学习

Linux学习-文件和目录

Linux学习-文件操作

Linux学习 - 文件内容操作(1)

Linux学习 - 管道、标准输入输出

Linux学习-常见错误和快捷操作

Linux学习-环境变量和可执行属性

Linux学习-文件排序和FASTA文件操作

Linux服务器数据定期同步和备份方式

查看服务器配置信息

ssh免密码登录远程服务器

R绘图学习

R语言学习 - 入门环境Rstudio

R语言学习 - 入门环境Rstudio

R语言学习 - 热图绘制 (heatmap)

R语言学习 - 基础概念和矩阵操作

R语言学习 - 热图美化

R语言学习 - 热图简化

Python学习

Pandas,让Python像R一样处理数据,但快

Python学习极简教程 (一)

Python学习教程(二)

Python学习教程(三)

Python学习教程 (四)

Python学习教程(五)

Python学习教程 (六)

生信傻瓜

生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

生信人写程序

生信人写程序1. Perl语言模板及配置

生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮

NGS软件

测序数据可视化 (一)

测序数据可视化 (二)- IGV

测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser

测序数据可视化 (四)- Epigenomebrowser

Cytoscape教程(一)

RepeatMasker安装和使用

Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程)

测序文章数据上传找哪里

轻松绘制各种Venn图

ETE构建、绘制进化树

分子对接

来一场蛋白和小分子的风花雪月

不是原配也可以-对接非原生配体

简单可视化-送你一双发现美的眼睛

你需要知道的那些前奏

其它

用了Docker,妈妈再也不担心我的软件安装了 - 基础篇

参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 230,622评论 6 544
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 99,716评论 3 429
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 178,746评论 0 383
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 63,991评论 1 318
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 72,706评论 6 413
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 56,036评论 1 329
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 44,029评论 3 450
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 43,203评论 0 290
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 49,725评论 1 336
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 41,451评论 3 361
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 43,677评论 1 374
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 39,161评论 5 365
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 44,857评论 3 351
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 35,266评论 0 28
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 36,606评论 1 295
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 52,407评论 3 400
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 48,643评论 2 380

推荐阅读更多精彩内容

  • 前言 Python的创始人为Guido van Rossum。1989年圣诞节期间,在阿姆斯特丹,Guido为了打...
    依依玖玥阅读 3,590评论 6 37
  • Android 自定义View的各种姿势1 Activity的显示之ViewRootImpl详解 Activity...
    passiontim阅读 172,775评论 25 708
  • 文/Bruce.Liu1 1.Python前世今生 1.1.Python历史 Python的创始人: Guido ...
    BruceLiu1阅读 11,859评论 3 119
  • 【七月影语】20170716学习力践行Day56 1.早晨一睁眼就拿起点读笔自己开始点鹅妈妈,还处在新鲜感中 2....
    暖小柒阅读 158评论 0 0
  • 大家好,我是佳勋学长。这是我第一次做调色教程分享,一来是因为大家还蛮喜欢这组照片的色调,二来也当作是自己在摄影之路...
    佳勋学长阅读 2,902评论 4 15