第四关从电车启动开始。这里有一个分支路线，电车上遭追迹者袭击后，回到驾驶的车厢会出现二选一，选择跳窗会来到钟楼的卧室，选择按下紧急刹车则会和列车一同停在钟楼大门前的花园空地。两个选择会将关键道具对换，解谜部分没有太大变化，但是文件收集顺序是固定的，不会因为选择不同而发生改变，如果想要解锁吉尔的日记，一定要留意文件的先后次序。
先说跳窗。来到钟楼卧室，在一个画像后面拿到钟楼钥匙，往外走会看见两扇门，一扇是绿色的门，现在暂时打不开，另一扇门是通向钟楼一楼大厅。穿过大厅后来到餐厅、钢琴房，最后是祈祷室。祈祷室可以拿到二楼的机关钥匙，如果选择按下紧急刹车，起始点是钟楼大门前的花园空地，往侧门走进入钢琴房，再到祈祷室，这时候的祈祷室里出现的不是二楼机关钥匙，而是钟楼钥匙。两个物品对调了，这一次是需要从祈祷室出发，到钟楼卧室的画像后面，拿二楼机关钥匙，最后两个选择都会汇聚在上二楼这条线路。
细节部分。选择跳窗这条路线，可以在钟楼一楼大厅从大门出去到外面的花园空地，但是侧门是反锁的，必须从餐厅方向去钢琴房才能打开反锁；选择按下紧急刹车，花园空地不能直接进入一楼大厅，因为大门是反锁状态，与之相反，这条路线的侧门是开放的，能直接打开进入钢琴房。另外跳窗路线，卧室外的小客厅门是锁住的，必须拿了画像后面的钥匙才能出去；紧急刹车路线也一样，钢琴房连接餐厅的门也是锁住的，必须拿祈祷室里的钥匙才能出去。
从大厅的楼梯上二楼，一条窄小的过道之后，来到露台，用机关钥匙将梯子放下来，爬梯子上去钟楼机械室。机械室有一个音乐谜题和一块银色齿轮。音乐谜题非常简单，不需要懂音乐，甚至不用开声音就能解开，因为它的答案就在一楼大厅。大厅楼梯两侧各有一个音乐盒，其中一个就是谜题的答案。解开谜题获得一个像吊坠一样的饰品，和钟楼钥匙组合，得到发条钥匙。还记得刚才说的，从钟楼卧室出来途经的绿色门吗？对应的就是发条钥匙。
进入绿色门里，经过一条走廊，来到储藏室，里面有一个时钟谜题。拿到三颗宝石，分别要放置在过去、现在、未来，三个时钟下面。这个谜题非常抽象，而它抽象的来源是随机性，宝石对应的时钟每一次都有可能不同，我的做法是不去找规律，纯粹无脑地用排除法就行了。三颗宝石，三个时钟，总共有六种组合，一个个地去试，总有一个会成功。
储藏室还有一个有趣的地方，就是后面有一扇钟楼的后门，可以通往医院和公园，但是门被钟楼的备用大钟挡住，如果吉尔去推的话，会发现自己推不动，然后踢了一脚备用大钟。
把时钟谜题得到的金色齿轮和先前的银色齿轮组合，回到机械室，装上组合齿轮，敲响钟楼大钟唤来救援，至此，第四关基本就结束了，后面吉尔去到花园空地，追迹者会站在钟楼顶部，用火箭炮打下前来救援的直升机，最后是一场吉尔中毒后，看不清血量的Boss战。
吉尔中毒后，游戏以卡洛斯的视角开启第五关——医院。卡洛斯的力气大，足以推开储藏室的备用大钟。来到外面是一条岔路，往左走去医院。从医院大厅进入两个相连的办公室，A办公室灯光暗，有补给道具和记录道具。B办公室灯光明亮，有内部电梯。先拿桌子上的磁带录音机，播放内容，可以解开内部电梯的声纹锁。电梯只能前往两个楼层——四楼和地下三楼。
先说地下三楼。一路走到底，操作某台机器，谜题是固定的，非常简单。完成后获得疫苗培养液；四楼稍微复杂一点。先去资料室，拿到病房钥匙，进入401病房，观察病房中铁架子的位置、调查门边医生尸体手里的密码，再去到402病房，也有一个铁架子，把铁架子放置在跟401病房里的铁架子对称的位置，例如401是在左上角，402就放在右上角。放对位置后墙上的画会掉下来，露出里面的保险柜，输入医生手里得来的密码，拿到疫苗素。
回到钟楼祈祷室，把在医院拿到的两个物品组合成疫苗，给吉尔做注射，第五关结束。
十月一日，吉尔从祈祷室醒来，正式开始第六关，记得一定要先拿上开锁铁丝。
由于卡洛斯推开了备用大钟，所以吉尔也能从储藏室的后面出去。公园这一关比较简单，没有第三关的复杂，也没有第四关的谜题多，仅仅就比第一关要多一个谜题。
用开锁铁丝进入公园管理员办公室，拿到公园正面的钥匙。公园有左右两条路，最终目的是前往右边路尽头的污水处理厂。先走右边，从一个尸体身上得到墓地管理员钥匙，这时候回去并走左边的路去墓地。本关就两个谜题，都集中在墓地。第一个喷水池谜题，答案就在水池里面一个像警告牌的图示。经过下水道来到墓地办公室，先用打火机烧掉壁炉的杂物，再在房间里找到铁棍，用来凿开壁炉下那几块稀松的砖头。壁炉里有一个临时作战指挥中心，有弹药，还有离开公园的圆环钥匙。回到右边那条路，并走到尽头使用圆环钥匙前往吊桥，第六关结束。
第七关开始于吊桥上的两个选择。追迹者出现在吊桥上拦住去路，选择把它推下去，吉尔会从正门进入污水处理厂。选择自己跳下去，吉尔则会从下水道进入污水处理厂，但是这一回不会有调换道具的戏码，就是简单的两个入口，无非是跟不同的结局相关，和解谜方面的要素不挂钩。
选择推追迹者下去，先在二楼的处理厂休息室拿处理厂钥匙、动力室（很多蒸汽喷口的那个房间）开第一个电子锁，后下去一楼拿水质样本，解开水质检测机谜题，开第二个电子锁。选择自己跳下去，道具的拾取和谜题次序倒过来，先在一楼拿水质样本解开水质检测机谜题，再上二楼拿钥匙，解开蒸汽谜题。
两个电子锁都打开之后，就可以进入废弃物处理室，途经控制室的时候，拿操作台上的MO碟片，用于进入废弃物处理室最里面房间，那里有一场Boss战，打赢会得到一张红色的磁卡，这是整个游戏最后获得的道具，能打开二楼正面附近的一扇卷帘门，还有动力室的电梯，也是用它解锁。
处理厂钥匙除了开门以外，钥匙环上还有一个条形码，使用它可以获得大杀器——四门火箭炮。获得这个强力武器有两个前提，一是在水质检测机旁边那台机器，使用条形码进行验证；二是解锁动力室的电梯，前往武器柜的房间，使用验证过的条形码解锁武器柜，四门火箭炮到手。
以上就是老《生化危机3》解谜部分所有内容了。
