（一）南明拥立
在中国历史上，不乏有大一统王朝偏安一隅的，如东晋、南宋，但其中最数悲惨的亦数南明。崇祯十七年，李自成破北京，崇祯皇帝殉国。
由此，这位早年应募银川驿的驿卒，摇身一变成了一代开国之主，可又未曾料到，随着吴三桂开山海关联合清军之后，一切尽作灰飞。
一片石之战决战前，多尔衮令吴三桂从满洲习剃发，使所部系白布为前锋，同顺军战至四月二十三辰时，吴军渐难支撑并有一部降顺，而清军则以逸待劳，列阵击顺军薄弱处，顺军不明清军意图，仍然主攻吴三桂军，双方血战至中午，各自损失惨重，疲惫不堪。正此之时，清军猛攻顺军，而已经久战后疲惫的顺军猝不及防，阵脚大乱，不得已撤退回师。
而经此一战，决中国未来之走向，而李自成军则一败再败，终于次年身死。
而同时，明朝南京留都决计重新拥立明室藩王以再续大明。然而在具体的继承人问题上，则又出现了矛盾，根据“皇明祖训”，有嫡立嫡，无嫡立长，当时明神宗长子光宗一脉已无人能继位，三子朱常洵虽已亡故，但长子朱由崧仍健在的情况下，按照兄终弟及、父死子继的顺序，第一人选为福王朱由崧，但钱谦益等东林党人则由于万历年间的“国本之争”，心存芥蒂，担心福王登基之后于东林不利，故以立贤为名拥神宗弟弟朱翊镠之子潞王朱常淓，而史可法则主张既要立贤也要立亲，故拥立神宗七子桂王朱常瀛。
明末清初史学家李清曾记载支持福王登基人士之言：福从此始矣，神宗四十八年，德泽犹系人心，岂可舍孙立侄？况应立者不立，则谁不可立？万一左良玉狭楚，郑芝龙狭益，各狭天子以令诸侯，谁禁之者？且潞王既立，置福王于何地？死之耶？抑幽之耶？是动天下之兵也，不可。
虽然言辞切切，但东林党人依然选择潞王继承大统。然而，史可法却同凤阳总督马士英商议。两个人商议的结果是，既不立福，也不立潞，而是“以亲以贤，惟桂乃可。”然而，问题是，桂王太远，而当下之要，在于速立新帝，以安民心。
然而，待二人商议完毕后，忽听闻凤阳守备太监卢九德勾结马士英手下大将黄得功、高杰、刘良佐决定拥立福王。为此，马士英亦只能选择福王。此时之明朝，经历了崇祯以来天下动荡，中央权威尽失，你可以忽略任何人的意见，但不可忽略这些武人的意见。史可法既知拥立福王已成定局，也只好如此。面对武将拥立的福王，东林党人亦无可奈何。
于是，马士英率黄得功等护送福王至南京，本月十二日，史可法请立“四镇”，十五日，福王登基。十六日，马士英入阁，十八日，史可法督师淮阳。
然而，正是由于东林党人的自私自利，以及史可法举措失误，导致四镇坐大，既然福王为其拥立，既是有拥立之功，大加封赏也是应该，这更是助长了其嚣张跋扈的气焰。
（二）清廷对南明态度的变化
而同时，击败了李自成大顺军的清军，此时依旧处于一个极为险峻的情况下，在顺军大败后，大批前明官将同士绅叛乱，北直隶、山西、山东大部地区大顺政权统治动摇，李自成被迫退入陕西，正当此时，清廷下剃发令，导致清军已经控制区域内如同鼎沸，眼见于局势不稳，多尔衮命清军加紧扫荡地方，手段酷烈。而同时，又迫于五月二十四日，废除剃发令。允诺：自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便。
因此，地方渐安。亦给了李自成一定喘息之机。六月，清军开始尝试扩张，攻夺山西山东，山东之地，随着南明新君无暇北顾之时，德州义军归顺清军，由此，各地州县先后归降。七月，李自成集结顺军准备反攻，多尔衮不得已名山东清军向西会合山西清军进攻太原。
同年十月，山西为清军攻占。
此时，亦不同于刚刚入关时，对统治中国尚无信心，剃发令下时，便有人进言，剃发令导致汉人人心惶惶，有碍统一，多尔衮答道:“何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳”。
此时清军，除了本部不到十万左右的军队外，就是一些前明降将，清廷并不信任。而大顺政权虽然大败，却依旧占据甘陕，而其他地方为双方共据。南明则表面上占据半壁江山，四镇之兵数十万以计，更别提西南还有张献忠，以此来看，清廷着实没有希望。
因此，六月十五日，多尔衮传檄各地，承认南明弘光政权。当然，仅不过几个月而已。
（三）联虏平寇
相对于北方刚刚入关，尚没有进取心的满清而言，而此时的南明却已经做起了春秋大梦。
当时一些人，如茅元仪和姚康以唐朝末年平定黄巢起义作为借鉴，出谋划策。如茅元仪《平巢事迹考》主张借满清之兵，灭李自成这个寇。
但也有人反对，给事中马嘉植就用突厥、契丹做类比，提醒朝廷借兵有亡国的风险。著名的爱国人士陈子龙也提醒，借兵之事看起来美好，但是如果自身不强大，单纯依靠借兵来平叛的话就会变成“宋人借金以灭辽，借元以灭金。”的悲剧罢了，而后来所见，亦如此而已。
而得拥立之功的四镇，则又各起私利，刘泽清在淮安大兴土木，黄得功、高杰为了争夺扬州而大打出手。这般模样，又谈何大事。就在山东义师和清军作战之时，史可法和四镇兵马却坐失时机，听任清军侵吞大片土地。在此间，满清窥出南明外强中干的本质，于是否认先前承认南明为合法性。
然而除此之外，使清军必然南征原因，亦有当时北方经历大战，早就十室九空，缺少粮食，比如弘光元年五月兵部右侍郎金之俊上言:“西北粒食全给予东南，自闯乱后，南粟不达京师，以致北地之米价日腾。”
另外还有人说:“不得江南，则漕运阻矣，将何以成天下？”当时北方连年战乱，所产根本不足，清廷非拿下南方不可，否则不需要南明或者顺军来攻，自己就会大乱。而个中原因，除了天灾还是要归结于崇祯以来天下大乱，这就是人祸了。
同样，弘光政权亦被吴三桂所迷惑。首先，吴三桂之乞师借兵，打的是“复君父之仇”的旗号。同时，吴三桂仍与南明保持着一定的联系。对南京福王政权，甚至表示：“不忍一矢相加遗”。
七月，弘光朝廷派遣左懋第、陈洪范等与清廷讲和。群臣廷议，认为双方应以江淮为界。高宏图、马士英、史可法认为议和不应放弃山东，答应清廷割让北直隶与关外，明清皇帝以叔侄相论。弘光帝以割让关外、南北互市、岁币十万、使臣不屈膝不辱命为底线。
然而，明使抵达北京后，遭到清廷羞辱。陈洪范背叛南明，暗中投靠清廷，促使左懋第等被扣押。清廷多次劝降左懋第，左懋第坚贞不屈，于弘光元年闰六月十九日被清廷杀害。
后清廷自食其言，传檄征讨南明。十月二十五日，多铎、孔有德、耿仲明率大军南下伐明。
（四）大顺政权的败亡
随着山西为清军所克，顺军在山西各部向河南撤退，随着顺军在河南增多，使河南顺军开始对清军进行反攻。
十月初四，两万顺军从山西垣曲出发向河南方向推进;同日河南兰阳出现大批顺军，向豫北的清军进攻。十月十二日，由垣曲出发的顺军开始反攻河南怀庆。此战，顺军锐不可当，连续收复济源、孟县，清怀庆总兵金玉和所部全军尽没，金玉和本人被顺军斩杀。
多尔衮原本命阿济格、吴三桂、尚可喜西征大顺，后令多铎、孔有德、耿仲明率大军南下征明。然而得到顺军反攻的消息后，这才知道小觑了大顺，兵分两路进攻南明和大顺怕是难以取胜，于是命多铎停止南下。
十月十九日，阿济格、吴三桂、尚可喜等人率领清军西征，一路上将前明宣府、大同降兵尽行调走，总兵力达到八万众，从山西、蒙古一带渡黄河攻陕北。李自成得知清军北犯的消息，随即率军北上，准备与清军决战。但没想到，阿济格部竟从山西迂回蒙古鄂尔多斯部获取马匹，直到十一月才向顺军进攻。虽阿济格事后因为绕道蒙古被清廷斥责为逗留之罪，但确实奠定了此战的胜负。
随着清军攻入陕北，一些前明降将的确不负众望，又率部降清。面对清军两路来攻，令顺军进退失据，不得已，李自成命他的侄子李过和内弟高一功率一部防守陕北，自己率一部防守潼关。
而后，李过在防守延安二十多天后突围。同时清廷也怕阿济格实力不足，又于十二月二十五日调山西蒲州固山额真阿山、马喇希部清军渡河。于是于弘光元年正月十四日，高一功从榆林撤退，榆林陷落。至此顺军尽失陕北地区。
同时，潼关顺军又连续出击，皆不胜。因为知道清军北来，两路大军的压迫，因此必须要快速击败多铎部北上支援，因此，以潼关坚固，顺军反而多次正面出击。
随着北面清军继续南下，李自成开始退兵西安，后潼关守将马世耀假降清兵，为多铎尽屠之。而后，李自成放弃西安，撤退河南，从此，彻底走上败亡道路。
（五）南明季世到来
面对清军大举南下，南明并非一无所知，尤其是随着清军南征檄文发布后，史可法、高杰等开始警惕，然而随着河南顺军的反攻，导致清军并没有依照既定战略南下。
崇祯十七年十一月十三日，在听闻满清将要南下的高杰率部抵达徐州，同时通知同为四镇的刘泽清做好抗击清军的准备。
有“活秦桧”之称的叛徒陈洪范抵达徐州，面见高杰，竭力夸大清军实力，并声称刘良佐、刘泽清二人已准备投降，高杰闻言后回答:“彼欲得河南耶？请以北京与我互易之。”陈洪范眼见劝降不成，只好趁夜逃走。
高杰本为农民军，因与李自成夫人邢氏有染，后降于明朝，亦忠诚为任，虽然所部暴戾行事，但其人亦积极北伐抵御清军，不幸为叛徒许定国所杀，一生行事功过参半。
而后南明之内，则爆发了大悲案、假太子案、童妃案，尤其是在东林党人煽风点火之下攻击弘光帝，当时清军的威胁已经临近，正是在这种情况下将南京拱手相让于清廷。甚至出现了左良玉以清君侧为名出兵东征，后病死，其子左梦庚率部降清。
而左良玉背后，则是一路败退的顺军，同时又有清军南下，一路势如破竹。面对此情此景，史可法北上督师。
而东来的左军又成功牵制了黄得功部，导致明军抗击清军兵力不足，论及南明弘光政权灭亡，这左氏两父子，可谓当为首功。
四月，清军过淮河，史可法退兵扬州。
面对清军进攻，明总兵张天禄、张天福降清，后刘泽清部南逃，同时，扬州城中甘肃总兵李棲凤、监军道高歧凤以及将领胡尚友、韩尚良出城降清。
在这种情况下，万念俱灰的史可法自觉无望后听之任之不做任何布置，使扬州一天陷落，总兵刘肇基战死，知府任民育、何刚等身死，史可法亦殉国。然而，正是这种不作为的态度，带给了扬州人民无限惨痛。
而后清军又宣扬：嗣后大兵到处，官员军民抗拒不降者，维扬可鉴！
五月，李自成身死，大顺政权灭亡，其后，降将张天禄、杨承祖奋勇当先攻破江防，清军渡江。
闻知清军渡江，马士英急忙与东林钱谦益等人商议对策，不料得到的是诸人皆欲降清。
五月初十，弘光帝从南京逃走，在马士英之子马銮护送下奔往太平，然而太平官员不肯放他入城，弘光帝无奈转而奔至芜湖黄得功处。
五月十五，清军入南京。就此之时，黄得功奋起出战，不料为叛徒田雄、马得功勾结清军，放冷箭，正中黄得功，后其自刎殉国，而弘光帝被俘。
同时，在邹太后与马士英支持下，潞王就任监国。
同月，清军进入杭州，潞王投降，弘光嫡母邹太后被俘，清军又招降杭州附近的明朝藩王，并保证他们一生富贵，除鲁王借口不至外，周王、惠王、崇王皆至。后三王与潞王、弘光一道北上，邹太后在路过淮河时跳河自尽。当然最后结果是清廷一向喜欢食言而肥，次年，在北京所有降清的明朝宗室均被清廷杀害。
闰六月初四，左梦庚部投降清，同月，江北四镇最后一镇在刘泽清带领下降清，至此四镇完全覆亡。
六月，多尔衮又自食其言，谕礼部宣布剃发令，称：迟疑者同逆命之寇，必置重罪。因此，而原本可传檄而定的华夏大地顿时沸反盈天。
而后就此拉开了在陆抗清二十年的南明隆武政权、永历政权、以及鲁监国政权，然而随着时间推移，各自一一失败，这就有了郑成功复台湾，以此为根据，坚持抗清。而可笑的是，降清的四镇未来却成为了镇压南明抗清斗争的主力，反而，一直被视为流贼的李自成大顺军余部和张献忠大西军余部却成为了保卫南明的主力军。
而悉数时间，南明坚持有四十年左右，直至明郑灭亡。
