2019-11-15 生信分析软件安装

下载最新版本的Anaconda


安装Anaconda
   bash Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh -b -f -p ~/conda
配置路径
   echo 'export PATH="~/anaconda3/bin:$PATH"'>>~/.bashrc
   source ~/.bashrc
启动conda
cd conda/bin/
.  ./activate
conda deactivate
添加镜像
  55  conda config --add channels conda-forge # Lowest priority
  56  conda config --add channels r # Optional
  57  conda config --add channels defaults
  58  conda config --add channels bioconda
  59  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  60  conda config --set show_channel_urls yes
安装R和Python
  61  conda create -y -n transcriptome r-base=3.4.3 python=2.7
安装必要的生信分析软件

  62  conda install -y -q samtools multiqc rseqc fastqc salmon star stringtie
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