在浏览核酸蛋白质数据库的时候会经常遇见不同的文件格式，常见的有Fasta格式文件、NBRF/PIR格式文件、 EMBL/SWISSPROT格式文件、Clustal(*.aln)格式文件、GCG/MSF(Pileup)格式文件、RSF 格式文件、GDE格式文件、Mega格式文件、Genbank格式文件、NEXUS格式文件、Phylip格式文件等。

Fasta格式

Fasta格式包含序列文件和质量文件

1.Fasta序列文件格式是核酸蛋白数据最常见的一种文件格式，第一行以'<'开头引导的序列名称开始，后面接序列的详细信息，随后的行接序列，每一行序列长度不超过80。序列由标准的IUB/IUPAC氨基酸和核酸代码表，出常见的ATCGU、20种常见氨基酸外还有下表1.1和1.2中代表的字符，'-'代表不明长度的字符序列。

2.Fasta格式质量文件第一行和序列文件一样，只是序列部分对应的是每个碱基的质量，用空格分隔。

表1.1

表1.2

Fasta格式序列文件

氨基酸序列文件

核酸序列文件

DNA质量文件