一、AAI

氨基酸一致性amino acid identity（AAI）是获得属或更高分类群分类结构的一种客观方法。常用工具：

• CompareM：github说明
  安装使用参考利用ANI AAI比较细菌基因组
  作者已经不再维护，并推荐了AAI calculator和 EzAAI tool
  
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• AAI calculator：在线工具，以蛋白质序列作为输入文件
• EzAAI tool：从基因组组装到最终树状图的快速而准确的管道
  Kim, D., Park, S. & Chun, J. Introducing EzAAI: a pipeline for high throughput calculations of prokaryotic average amino acid identity. J. Microbiol 59, 476-480 (2021). (https://doi.org/10.1007/s12275-021-1154-0)

二、软件使用

2.1 软件安装

• EzAAI v1.0
• Java RE 8+ ：java8参考ubuntu配置jre8
• Prodigal : 用conda安装，conda install -c bioconda prodigal
• MMSeqs2: 用conda安装， conda install -c bioconda mmseqs2

2.2 软件使用

EzAAI extract 从基因组序列中提取profile数据库

$  java -jar EzAAI_latest.jar  extract -i fasta/Cn.fasta -o db/Cn.db -l "Clavibacter nebraskensis"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Ci.fasta -o db/Ci.db -l "Clavibacter insidiosus"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Mh.fasta -o db/Mh.db -l "Microbacterium hominis"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Ma.fasta -o db/Ma.db -l "Microbacterium aurum"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Lc.fasta -o db/Lc.db -l "Leucobacter chironomi"
$  java -jar EzAAI_latest.jar extract -i fasta/Lm.fasta -o db/Lm.db -l "Leucobacter muris"

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EzAAI calculate 从profile数据库计算AAI值
EzAAI将自动检测目录中的.db文件，并使用MMSeqs2计算每株菌与其他菌之间的AAI值。

$ java -jar EzAAI_latest.jar calculate -i db/ -j db/ -o out/aai.tsv

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EzAAI cluster - 通过AAI值做层次聚类

$ java -jar EzAAI_latest.jar cluster -i out/aai.tsv -o out/sample.nwk

生成的nwk文件用MEGA做可视化

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完成!