天池精准医疗大赛实践

前段时间参加了一个天池精准医疗大赛,还是写个复盘总结吧。

一、赛题说明

本题是天池的一个比赛,主要就是根据个人的体检报告,如肾、肝、血液以及年龄等信息来预测血糖值。数据量不大,训练集5600多,测试集1000个,特征也只有不到40个。最终目标是求预测值与实际值之间的MSE

二、数据基本分析

1)缺失值

缺失.png

其中5000多个样本中肝功能缺失值较多,这几个特征基本可以删除,其他的蛋白类检测数据缺失值也较多,可以尝试用均值、中位数方式填充。

2)血糖分布情况


血糖分布.png

可以看出大部分数据集中在4到15之间,并且4到7之间最为集中,而实际血糖值>6.1就被认为不是正常血糖值了,所以如果按照正常方法直接回归,预测出来的值基本上集中在5~6左右,很难预测到大值。

3)特征相关性


相关性特征.png

可以看出,肾以及蛋白类特征与血糖的相关性较大,在构造特征中可以着重考虑采用相关性高的特征来构造。

4)特征重要性


特征重要性.png

年龄的重要性最大,其次依然是蛋白类特征影响较大,在实际测试中,可以考虑用相关性高的特征来进行处理。

三、缺失值以及特征处理

缺失值:

1)删除了肝功能特征,由于蛋白类特征较为重要,同时肾相关的尿素、肌酐、尿酸缺失较多,所以尝试删除确实这些主要特征的体检案例。最终发现的确有一定的提升。

2)剩余缺失值采取了多种填充方式进行检验,尝试了均值,中位数,k近邻填充,-999,0几种方案,实际中采用均值、中位数、0的方案结果接近,最终采用的是均值填充。

特征处理:根据翻看相关文献构造了几个特征,有助于提高结果。

1)构建了肾小球过滤率,主要根据以下公式:

eGFR = a × (serum creatinine/b)c × (0.993)age
a值根据性别与人种分别采用如下数值:黑人:女性 = 166 ;男性 = 163 白人及其他人种 女性 = 144 ;男性 = 141 ;b值根据性别不同分别采用如下数值:女性= 0.7 ;男性 = 0.9 ;c值根据年龄与血清肌酐值(罗氏酶学)的大小分别采用如下数值:女性 血清肌酐≤ 0.7 mg/dL = -0.329 、血清肌酐 > 0.7 mg/dL = -1.209 ;男性 血清肌酐≤ 0.7 mg/dL = -0.411 、血清肌酐 > 0.7 mg/dL = -1.209 。

2)将肾相关数据求和

3)将蛋白类数据求和

按照以上方式处理后mse能提高0.1左右

4)将主要特征之间进行加减乘除,取log,取平方构造更多的特征,采用xgboost的特征重要性筛选方法选出排前面的特征,有助于预测出更大的值,实际效果能有一定提升。

四、算法

这是一个有监督的回归问题,一般这类问题可以采用集成学习的方式有较好的效果。本次实践尝试了ridge、lasso、svr、xgboost、lightGBM几种方式,最终xgboost和lightGBM两种集成学习的方式取得了相对较好的效果,而几种基本算法MSE基本崩掉了。

调参还是采用的gridserachcv的方式,由于数据量不大,所以能较快跑出来,如果数据量大的话,一般就得分别调参了。

五、改进

这题目实际上主要是希望能预测出大的血糖值,因为80%以上的血糖集中在5~6之间,如果简单回归,预测结果的大部分值都会几种在这个范围内,实际结果也是如此,比如一个大值实际为15,而仅仅预测为5,总共1000个数据,实际mse=10^2/1000=0.1,单独这一个数据就将共享0.1的mse,而一个实际值为5的数预测为5.5,其带来的mse只有0.00025。所以关键就在于预测出大值,集中度高的值对MSE的影响微乎其微。

在群里与大牛们讨论时,可以采用分类的方式提高精度,我按照6.1的血糖值进行分类时,结果直接崩了,意识到这种方式可能不行。后来看到一篇文章说对这类问题,可以采用设置多个分类点的方式。

比如设置分界线为6.1,7.1,8.1等等,分别进行二分类,由于我只在乎大值,那主需要注意正例分对的比例,即precision即可,按照这种方式设置了八个二分类,分界点为6.1,7.1,8.1,9.1,10.1,11.1,13.1,15.1并分别进行调参,以precision为衡量对象,那就能得出多组分类结果。然后按照多个分类结果进行划分,比如一个检测对象的几次分类结果为11110000,代表其位于9.1到10.1之间,如果其为11010000,说明有两次分类结果矛盾,则按照回归方式处理。

按照上述方式处理后,实际中也有分类错误的,但多个分类基本能保证误差相对小了一些,关键是大值预测出了几个,有效的减小了MSE。

六、总结

通过这次比赛学到了很多,单纯看书与实际操作相差甚远,一些特征和算法的处理方式也需要实践才能证明。并且比赛有截止时间,大家相互竞争压力也较大,同时能在于更多选手的交流过程中提高自己,有时候一句提点便能让自己少走很多弯路。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,362评论 5 477
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,330评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,247评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,560评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,580评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,569评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,929评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,587评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,840评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,596评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,678评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,366评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,945评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,929评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,165评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 43,271评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,403评论 2 342