1. 官网查看版本,因为7.2.0兼容低通量的数据,所以决定安装7.2.0
2. 按照个人习惯,网上搜安装帖子,出现两个问题
1)wget 下载报错,可能是因为链接权限的问题
2) 重新找的链接,可以成功下载,但是解压时候
gzip: stdin: not in gzip format
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now
这个问题其实是文件下载的问题,md5sum 校验或者直接看下文件大小,就会发现文件下载的不对
3. 踩坑后,还是决定查看官网
step1 : 注册
step2 : 获取wget 链接 ,复制到命令行直接运行
https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads/previous-versions
step3:
tar -zxvf cellranger-x.y.z.tar.gz ## 这里不用 -C cellranger 了,默认就是解压到cellranger-x.y.z目录下
step4 : 解压完成后,就是安装完成了
cellranger --version
cellranger: command not found
检验版本号,发现命令不存在
step5 : 写入环境变量,就可以啦!!!
vim ~/.bashrc
export PATH=/你的路径/cellranger-x.y.z:$PATH
source ~/.bashrc
cellranger -V
cellranger cellranger-7.2.0