cellranger 安装的问题

1. 官网查看版本,因为7.2.0兼容低通量的数据,所以决定安装7.2.0

2. 按照个人习惯,网上搜安装帖子,出现两个问题

    1)wget 下载报错,可能是因为链接权限的问题

    2) 重新找的链接,可以成功下载,但是解压时候

gzip: stdin: not in gzip format

tar: Child returned status 1

tar: Error is not recoverable: exiting now

这个问题其实是文件下载的问题,md5sum 校验或者直接看下文件大小,就会发现文件下载的不对

3. 踩坑后,还是决定查看官网 

step1 : 注册 

step2 :  获取wget 链接 ,复制到命令行直接运行

https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads/previous-versions

step3:  

tar -zxvf cellranger-x.y.z.tar.gz ## 这里不用 -C cellranger 了,默认就是解压到cellranger-x.y.z目录下

step4 : 解压完成后,就是安装完成了

cellranger --version

cellranger: command not found

检验版本号,发现命令不存在 

step5 :  写入环境变量,就可以啦!!! 

vim ~/.bashrc

export PATH=/你的路径/cellranger-x.y.z:$PATH 

source ~/.bashrc 


cellranger -V

cellranger cellranger-7.2.0

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

友情链接更多精彩内容