学习小组Day3----七七七七

学习内容：

• conda：linux的应用商店（精华版：miniconda）
• 安装和配置miniconda
• 使用miniconda

一、安装相当于App store 的miniconda

百度搜索 miniconda 清华 点击第一个链接进入清华镜像
下拉找到这个网站

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点进去，找到Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh这个最新版本，并且是适用于服务器的86_64位数的安装包（注：连接服务器，输入命令uname -a，查看服务器位数）
右键单击，拷贝链接

屏幕快照 2020-04-19 上午10.55.33.png

安装软件的命令：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这一步只是导入了一个.sh的脚本，接下来进行安装
输入命令：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

回车跳过一切版权信息，输入yes或者点击enter

屏幕快照 2020-04-19 上午11.05.43.png

出现thank you for 的字样安装成功
输入命令：

source ~/.bashrc

来激活conda
激活后输入命令：

conda

启动conda软件

二、运用miniconda

conda list#查看当前所有软件列表#

conda search fastqc#搜索fastqc软件#

conda install fastqc -y#默认安装最新版本，-y自动安装的命令#

conda install fastqc=0.11.7 -y#安装指定版本#

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fastqc安装完成
下面学习卸载fastqc

conda remove fastqc -y

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选修：conda环境

1、查看conda环境

conda info --envs#带*的就是默认环境#

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2、创立一个conda环境

创建新的环境，命名rna-seq，指定python版本3，同时安装fastqc trimmomatic软件,输入命令一步到位：

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

再次conda info --envs检查环境

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这次有两个环境，一个名为base的和一个名为rna-seq的，默认还是*base的环境。

新的环境需要激活

3、激活新的环境

conda activate rna-seq

命令让*转移到rna-seq环境的前面，变成默认环境

fastqc

查看这个软件（没有任何命令，只代表你成功安装并且能够使用）

4、思维导图

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