基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(二)

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基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(一)
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(二)

通过上一部分的分析得到了以下数据:

id.txt
Nramp_cds.fasta
nramp_protein.fasta
gene.bed
gene_seq.fasta

接下来利用获得的这些数据进行可视化


1.motif分析
meme: http://meme-suite.org/tools/meme;方法参见 MEME在线网站查找motif步骤

meme得到的motif结果

下载xml文件(meme和mast两个结果),放到TBtools中去,结果漂亮一些

nramp_protein_meme.xml
nramp_protein_mast.xml

TBtools得到的结果

2.基因结构,同样适用TBtools



基因结构

3.构树



TBtools合并以上三个分析:




参考:
01 MEME在线网站查找motif步骤
02 [软件使用] 使用TBtools重新绘制MEME motif图http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=2312&highlight=MEME
03 TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

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