“for circle” recon-all

sour_dir =/users/desktop/MDD

sublist =${sour_dir}/sublist.txt

writting 'for circle' into recon-all.sh

for sub in ‘cat ${sublist} | sed -n 2, 10p’

do

    echo ${sub}

    mkdir -p ${sour_dir}/{sub}/mri

    mri_convert ${sour_dir}/{sub}/anat/*.nii.gz

${sour_dir}/${sub}/mri/001.mgz

    SUBJECTS_DIR = /users/desktop/MDD

    recon-all -s ${sub} -all -qcache

done

run in terminal: recon-all.sh

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