患者主索引，本质上是形成同一个人在不同机构内部ID的联系，所以在启动患者主索引之前，需要先给参与联合建立主索引的医疗机构分配不同的编码标识，逐步形成主索引ID与机构ID已经院内ID之间的交叉索引表。
其次，需要设定用于判定患者是否为一个人的匹配字段及匹配规则。这些条件具备之后，就可以开始执行患者主索引的主流程了。
建立患者主索引的主要流程如下：
1、首先对数据进行清洗、转换和合规性校验，排除一些不可用的数据。
2、然后将新的患者数据与已生成主索引的患者数据进行对比，根据匹配规则判断是匹配、相似或不匹配。
3、若匹配，则使用已有主索引，更新交叉索引及患者信息；若不匹配，则生成新的患者主索引；若匹配结果为相似，则形成待处理相似匹配数据，提醒数据治理人员或者相关业务人员手动处理。
实际实施状态下，匹配规则会配置的相对灵活，以满足不同的业务场景需求。
