一个圣诞节的雪夜，阿银、阿花和美由纪这三个流浪者在垃圾堆里发现了一个女婴，给她起名清子。阿银和美由纪想把清子送到派出所，但阿花想留下她，去找她的亲生父母，询问他们遗弃清子的原因，最后他们踏上了寻找清子亲人的道路。在这段奇妙的旅程中，三个人背后的故事也浮出水面。
阿银原来是做自行车生意的，他曾有过幸福的家庭，有妻有女，但因为沉迷于赌博和酗酒，欠下外债，他选择了逃避，离家成为流浪汉。在和阿花提及经历时编造了谎言，说自己是自行车赛车手，因为女儿重病需要钱，不得不比赛作假，被揭穿后家破人亡。可以看出阿银的心中一直对家庭存有愧疚，却没有勇气去面对他们，只能谎称妻女已离世博取同情。但是却默默为女儿存下三万日元，希望她能原谅自己。
美由纪是因为父亲送走了自己喜爱的宠物后，冲动之下刺伤了他，所以选择离家出走。她在坐火车遇到了父亲，立马翻窗逃跑，但是被南美杀人犯劫持家里后，和杀人犯的妻子说起自己的父亲时，泪水布满眼眶。她认为父亲不会原谅自己，所以即使很想念也要一直逃避。
阿花是个想成为女人的性错乱者，他自小被母亲抛弃在街道上，所以当他遇到同样被遗弃的清子时，会有一种同病相怜的感觉。因为从小饱尝缺失亲人关爱的痛苦，所以他不希望清子的命运也和她一样。他曾在一家酒吧工作，因为惹怒了客人给酒吧带来了麻烦，他觉得没有脸面回去。他曾跟过一个男人，但那个男人却被肥皂绊倒摔死了，之后他就一直在外流浪。他提及这些往事的时候，面上云淡风轻，实际泠暖自知。阿花可以说是影片中最富有人性光辉的角色，虽为男儿身，却有女性的温柔和母性。他是三个人中唯一没有归处的人，但他幽默又乐观，聪慧又正义。
流浪者本来是徘徊在城市边缘的人，备受歧视和厌恶。但是影片中的三个流浪者却帮助一个被丢弃的孩子回到父母的身边，甚至冒着生命的危险。阿花把清子称为天使，因为她给他们带来了幸运和希望。
清子的确改变了他们的人生轨迹，他们在解救她的同时也解救了自己。他们在这次旅程中与过去相遇，知道自己一直都没有被抛弃。阿银的妻子在他出走后，带着年幼的女儿一直在寻找他，她们都很想见他。美由纪的父亲没有怪罪她，不仅登报寻找她，还找回了她心爱的宠物。而阿花原来工作的酒吧妈妈桑也没有在意，仍然把他当做家人一般对待。如果他们一开始选择把清子交给警察，那么他们就不会从这段经历中反思自己，面对自己。他们依然是流浪者，依然在逃避自己的家人，依然得不到救赎，最后像片中的老流浪汉一样孤独地死去。
《东京教父》通过讲述三个流浪者在圣诞夜的奇妙之旅，反映了日本的整体现状，城市发展的变迁、经济社会的冷酷、社会治安的杂乱、社会底层人民的生活窘迫，但就是在这个无情冰冷的社会里，仍然透露出一丝丝温暖。当阿花抱着清子从楼顶缓缓落下时，阳光从灰暗阴冷的建筑中透出来，与影片大团圆结局相呼应的同时又象征着新希望。
