最简单最详细的SRA数据查询、下载和使用方法

Step1 SRA数据查询

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Step2 数据筛选

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Step3 查看或下载数据查询结果

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Step4 挑选自己想要的数据集

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Step5 SRA编号查询

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Step6 SRA数据下载

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wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos4/sra-pub-zq-1/SRR022/22824/SRR22824348/SRR22824348.lite.1

Step7 SRA数据格式转为fastq.gz格式

# 单个文件转化
fastq-dump --gzip --split-files SRR22824348.lite.1

# 批量转化
for n in *lite.1 ; do echo $n ; fastq-dump --gzip --split-files $n ; done

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