从新选组的人员来看，近藤勇长期担任新选组的局长（即组长），但很多人认为，土方岁三是他背后的智囊，甚至是真正操纵新选组的幕后之手。据记载，土方岁三头发乌黑，面庞白皙，器宇不凡，是标准的美男子，而且头脑聪慧，心机深沉。由于性格坚定、执行纪律严格，土方岁三被称为新选组的“鬼副长”。
土方岁三可称为是见证了新选组从成立、显扬，到随着幕府一同衰落、覆灭的全过程的唯一一人。关于土方岁三最后的坚持和壮烈，我们以后再说。
年轻的天才剑客冲田总司也是后人追捧的新选组著名成员。说他是天才剑客，那是有凭有据的。冲田总司九岁进入天然理心流的道场试卫馆学剑，十二岁时便在和奥州白河藩剑术教官的比试中胜出，剑术神童之名惊动四方。天然理心流的宗主近藤勇在随幕府使节去关西公干时，也曾留信称“倘有万一，由冲田继承流派。”
在池田屋事件中，冲田总司冲入池田屋，面对五名敌手，毫无惧色，不仅灵活地闪避开五人的夹击，而且在转瞬间刺死一人，斩断另一人右腕。正当他再向剩余四人发起冲击之时，却痼疾复发，大口喷血，倒在当场，而那吓破了胆的四名敌人竟也不敢趁机上前，而是逃之夭夭。
虽然冲田总司身患肺病，但在之后新选组的行动中依然活跃，然而也仍是沉疴要了他的命。1868年7月，冲田总司病逝于医院中，年仅26岁。
而在另一部日本人气漫画《银魂》中，“真选组”则完全是以新选组为原型演绎的。“真选组”中的人物近藤勋、土方十四郎、冲田总悟、原田右之助、山崎退、伊东鸭太郎、齐藤终可分别对应新选组中的近藤勇、土方岁三、冲田总司、原田左之助、山崎烝、伊东甲子太郎、斋藤一等等。
前文说到，池田屋事件及其后的一系列行动，使新选组的声誉达到了顶点。然而好景不长，历史的天平终究还是倒向了维新倒幕一方。1867年11月，末代幕府将军德川庆喜行“大政奉还”，宣布将政权交还给天皇，但“大政奉还”只是名义上的，德川幕府依然掌握着实际的权力，天皇新政府和幕府旧政府紧张对峙，战争一触即发。不久，新政府和幕府之间爆发了戊辰战争，新选组站在幕府一方，参与了战争。
1868年初，历时四天，决定幕府和维新双方命运的鸟羽伏见之战打响。幕府方为会津藩、桑名藩等，维新一方为萨摩藩、长州藩联军。开战伊始，来自萨摩军西式新式火炮的炮火便覆盖了幕府军的阵地，幕府方处于极度不利的境地。面对萨摩军猛烈的炮火，土方岁三选出决死队员，试图发动冲锋，越过炮火的覆盖范围，争取近战白刃战。在高声呼喝中，新选组队员们从战壕后一跃而出，冲向敌营。
新选组队员手中的名刀，在艳阳的照耀下熠熠生辉，然而比冰冷的锋刃更无情的，是萨长军新式恩菲尔德步枪射出的子弹。新选组决死队还未冲及对方阵线，便在密集的弹幕中纷纷倒下，最后只能仓皇撤退。目睹了一切的土方岁三哀叹：“现在已经不是属于刀剑的时代了。”
鸟羽伏见之战以幕府的彻底失败而告终。败退的幕府，只好放弃京都，乘坐铁甲舰逃回大阪，后又逃往江户。新选组也随幕府一起，经海路来到江户。在江户，队长近藤勇招募当地人众，组织了甲阳镇抚队，带领他们去甲府地区对抗新政府军。然而，甲阳镇抚队组建仓促，大部分人员均为临时加入，意志不坚。当“官军人多势众，拥有压倒性优势”的消息传到镇抚队时，许多人偷偷溜走，原先300人的镇抚队只剩120余人。战斗打响后，新队员们被新政府军西式枪炮的威力所震骇，仅草草战斗了数小时便做鸟兽散，近藤勇败退到今千叶县的流山地区。在此，近藤勇与土方岁三分别，后被新政府军捕获并就地斩首，享年35岁。
而“鬼副长”土方岁三仍未放弃。伏见鸟羽之战后，新政府军继续讨伐幕府，幕府在已无胜算的情况下，与新政府军进行谈判，将作为德川幕府大本营的江户城在无抵抗、不流血的情况下移交给新政府，实现了江户“无血开城”，这标志着幕府势力的最终失败，明治维新大局已定。
江户开城之后，幕府海军副总司令榎本武扬拒绝向新政府移交幕府舰队，带领八艘军舰及军队，冲出江户，前往偏远之地虾夷，也就是北海道，土方岁三随之一同前往。由于北海道并非战略中心，新政府军力量较为薄弱，幕府军较为容易地击败了政府军，占领了北海道，成立了“虾夷共和国”，榎本武扬任总统，土方岁三任陆军奉行。
新政府自然不会对这割据政权坐视不理，派出了军队予以铲除。在新政府军的进攻中，虾夷共和国节节败退，1869年5月，新政府军包围了虾夷共和国最后的据点五棱郭，土方岁三眼见局势已无法挽回，便穿上新选组当初的队服葱色羽织，抱着必死的决心，单人独骑向政府军阵地发起了最后的冲锋，然而在中途中弹而死，享年38岁。
伴随着土方岁三的壮烈成仁，明治维新戊辰战争的最后一场战斗箱馆战争也落下了帷幕。驻守在五棱郭的新选组也随榎本武扬向新政府军投降，曾烜赫一时的新选组正式走下了历史舞台。
新选组自诞生到消亡，前后不过短短7年时间。其实细细看来，新选组的池田屋突袭、三条大桥乱斗、参与伏见鸟羽之战等等，虽然都曾名著一时，且已载入史册，但严格来说都并非惊天动地的大事件。从本国历史来说，新选组并非明治维新的主角，也并未明显地改变历史的进程；从横向对比来看，新选组各次战斗的战绩，在习惯了大战争大杀戮的中国人面前，实在是无足称道。那么，为什么新选组在日本会被如此推崇，进入了小说、影视、动漫等各种载体，成为了一个重要的文化主题呢？
更为重要的是，新选组在明治维新中，是支持顽固保守、阻抗维新的幕府一方，并随幕府一同败退。那么，在一百多年之后的今天，沐浴着西方文明的阳光，享受着维新成果的日本人，又为何会把新选组和维新志士一起，共同当做崇拜景仰的对象呢？
日本由于国土狭小，资源有限，故此对于很多事物有着“珍惜”的心态。对于历史、人物、文物等等，即便与其它国家相比并不十分出色，日本人也会去追寻它的各种细节，并加以种种铺排衍生，使之成为一个故事、一种产品、乃至一类产业。更何况，新选组的前世今生里，恰好存在着符合日本民族审美心理的属性。
日本民族崇尚武士道、崇尚忠诚和服从。新选组对于武士道近乎严苛的遵守，对于信念的忠诚，正与日本民族的价值取向相契合。纵观新选组的短暂历史，他们无愧于队旗的“诚”字，而且用鲜血和生命践行了“诚”。诚实、诚信、忠诚，诚于自身、诚于理想，诚于信念，哪怕这忠诚会被捆绑在千疮百孔的巨轮上，一同沉没。
从美学这一更高层次的意义上，新选组的短暂历程又符合了日本民族崇尚悲剧、甚至崇尚死亡的审美心理范式。知其不可而为之，哪怕已经隐隐地感觉到悲剧的终点，也仍然会以自己的小小身躯，去守护理想和信念，这种英雄式悲剧其实不仅仅在日本，在许多国家都足以激起人们的同情和崇敬。
无论如何绝望地挥舞手中的刀剑，也难以阻遏历史的车轮；即便倾洒满腔热血，也无法染红时代的波涛。在新时代和旧时代磕碰摩擦的夹缝中，唯一的结局只能是粉身碎骨。冲天战火已熄，刀剑铮鸣已静，当政治和战争已经可以作为历史事件而被远远观察乃至观赏，新选组反而凭其真诚和坚定，从那一段纷乱的历史中脱颖而出，成为了后人称颂的偶像。
