一) R包的安装

###查看镜像
options()$repos  
options()$BioC_mirror 
###更换镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioconductor")

##1.使用CRAN安装R包
install.packages("R包名") ###安装R包

##2.从bioconductor安装
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")  ###先安装bioconductor
BiocManager::install("limma")    

###3. 从github安装
install.packages("devtools")   ##先安装devtools
devtools::install_github("Hy4m/linkET", force = TRUE)
packageVersion("linkET")

###4.本地安装

二)

R中数据类型 : 数值(numeric) / 整数(integer) / 字符串(character) / 逻辑(T/F) / 因子(factor)

R中数据结构
向量(vector) : 一连串数据的组合
矩阵(matrix) : 具有一定行数和列数的数据集合,矩阵中所有数据的类型必须相同
数组(array) : 相当于多维度的矩阵
数据框(data frame) : 类似于矩阵，但它可包含多种数据类型
列表(list) : 啥都有

开局显示当前工作目录的getwd()
设置当前工作目录setwd("R/R_study/")
mode(x) 查看对象x的模式
class(x) 查看对象x的类型
as.numeric(x) 把对象x转为数值型
rm(x) 移除对象x
head(x) 查看数据的前6行
abs(x) 返回绝对值
sqrt(x) 返回平方根
ceiling() 记录不小于x的最小整数
sum 求和
mean 返回均数
max/min 返回最大/最小值
range 返回最大最小值
median 中位数
quantile 百分位数

三) 读入文件

文本文件.txt /.csv ,使用read.table命令

mydataframe <- read.table("./test.csv",sep = "," , header = TRUE , skip = 1,nrows = 5,stringsAsFactors = FALSE)
##先打双引号,输入 ./ 后按tab键找到 .csv 文件

参数

file : 要读取的文件名称
header : 是否将第一行作为变量的名称,而不是当具体值来处理
sep : 指定文件用什么分隔符,默认空白分割,.csv文件用","分割
skip : 读取数据前跳过的行数 skip=5:直接从第六行读数据
nrows : 读取文件最大行数
na.strings : 缺失值转为NA
stringsAsFactors : 默认把字符型(character)当成因子(factor) ,防止转换为因子,令参数stringsAsFactors = FALSE