不知从TCGA下了多少次数据了,每次都像失忆了一样重新研究……果然凡事都该动笔记下来 TAT
本次以肝癌数据为例
操作系统:MAC OS
1. 登陆TCGA网站
2. 点击repository
3. File和Case分别选择如下
4. Add all files to cart
5. 分别下载箭头处的文件
Manifest 解释文件
cart 基因文件
BioSpecimen 解释生物多样性的文件
Metadata 样本对应的文件 TCGA的ID对应
Clinical 临床信息
注意:manifest一定要进入购物车再下载,不然会出错!!!
6. 下载manifest转译工具
最后得到这样一个小工具
7. 打开terminal, cd到目标文件夹
./gdc-client download -m gdc_manifest_20190520_022239.txt
就这样开始啦,中间记得不要断网哦~