从官网上下载TCGA数据

不知从TCGA下了多少次数据了，每次都像失忆了一样重新研究……果然凡事都该动笔记下来 TAT
本次以肝癌数据为例
操作系统：MAC OS

1. 登陆TCGA网站

https://portal.gdc.cancer.gov

2. 点击repository
3. File和Case分别选择如下

4. Add all files to cart
5. 分别下载箭头处的文件

image.png

Manifest 解释文件
cart 基因文件
BioSpecimen 解释生物多样性的文件
Metadata 样本对应的文件 TCGA的ID对应
Clinical 临床信息
注意：manifest一定要进入购物车再下载，不然会出错！！！

6. 下载manifest转译工具

最后得到这样一个小工具


7. 打开terminal, cd到目标文件夹

./gdc-client download -m gdc_manifest_20190520_022239.txt



就这样开始啦，中间记得不要断网哦～

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