今天的目标是学会利用miniconda在linux上安装软件
总共有两部分：准备、使用
代码一览：
wget 下载地址
bash 文件名
source 文件名
yum install -y 软件名
conda list
conda search 软件名
conda install 软件名 -y
conda remove 软件名 -y
conda info --envs
conda create -n 环境名 python=版本号
source activate 环境名
source deactivate环境名
conda remove -n 环境名 软件名
准备
-
了解anaconda、miniconda、conda
三者皆属于linux的软件管理器，日常生信使用miniconda已足够，下图可清楚展示三者关系(引自生信星球)。
- miniconda--下载、安装、激活、添加镜像
- 下载：搜索miniconda，到网复制所需下载地址，使用
wget 下载地址下载miniconda(linux中复制方法为：选中内容点击鼠标左键，粘贴只需点击鼠标右键即可) - 安装：输入命令
bash 文件名进行安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装过程中只需全称输入enter或yes即可
- 激活
安装后输入source /~ .bashrc激活conda
- source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录。
- ~/是进入当前用户的主目录。比如我用的用户名是USER 那么命令 cd ~/ 就进入了/home/USER 目录。.bashrc 是进入.bashrc文件夹，就是用户目录下的名字是.bashrc的目录。
- 在刚登录Linux时，首先启动 /etc/profile 文件，然后再启动用户目录下的 ~/.bash_profile、 ~/.bash_login或 ~/.profile文件中的其中一个，执行顺序为： /etc/profile -> (~/.bash_profile | ~/.bash_login | ~/.profile) -> ~/.bashrc -> /etc/bashrc -> ~/.bash_logout
总之，就是更新设置。
然后，输入conda，出现满屏信息代表能正常使用conda
- 添加镜像：从国内网站下载，加快下载速度
一行一行的复制一下代码
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 安装bzip2（压缩软件）
免费的阿里云没有bzip2，因此要自行安装
可输入bzip2检查是否存在这个软件，没有会显示command not found
接下来就输入yum install -y bzip2进行安装
使用
- 查看当前所有软件列表
conda list - 搜索软件(以fastqc为例)
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y自动安装
conda install fastqc=版本号安装特定版本 - 卸载软件
conda remove fastqc -y
关于conda环境
由于不同的项目所需的软件版本可能不同，如python2 与python3，要同时进行不同项目就需要设置不同的conda 环境。
- 首先查看conda存在哪些环境(*代表此环境为默认环境)
conda info --envs
conda environment - 添加新环境
conda create -n environment-1 python=3 fastqc trimmomatic -y(指定python版本为3,同时安装fastqc trimmomatic两个软件)，然后查询
添加新环境结果 - 激活新conda环境
source activate environment-1
激活新环境
可以看到此时root前方已有新环境，且*在新环境前方。 - 卸载
-卸载某环境中某软件：conda remove -n environment-1 fastqc -y
- 卸载环境:
先退出环境：
source deactivate environment-1
再卸载
conda remove -n environment-1 --all(卸载全部，包括环境)
