1.进行群落组成分析
mkdir taxa_sum_plot
summarize_taxa_through_plots.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o taxa_sum_plot/taxa_summary -m mapping.txt
可到对应目录下找到相应的 txt 数据文件和 html 展示文件
图1
还可以选用mappinging文件中的任意一列进行统计
summarize_taxa_through_plots.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o taxa_sum_plot/taxa_summary_group -m mapping.txt -c Group -s
得到如下效果
图2
2.绘制 OTU 热图
make_otu_heatmap
make_otu_heatmap.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o heatmap/heatmap.pdf -m mapping.txt -t phylogeny/rep_set.tre
图3
qiime画图效果并不好，建议用 R 作图
3.绘制 OTU Network 图
makedir otu_networks
make_otu_network.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o otu_networks -m mapping.txt
生成的文件导入 Cytoscape
