记录一下用VS Code运行r和python以及Jupyter notebook的使用(Mac M2)

文章参考:https://www.practicaldatascience.org/html/jupyter_r_notebooks.html

Jupyter的理念是将工作的界面与进行分析的底层编程语言分开。这使得创建一个界面(一个文本编辑器,一个显示结果的窗口等)成为可能,该界面可以用来在任何数量的不同程序中运行你的分析。在Jupyter生态系统中,被用来实际运行你的分析的程序(如Python、R)被称为kernel
这意味着,可以将Jupyter笔记本用于Python之外的其他用途。

首先需要安装:

  • Visual Studio Code
  • python
  • R

Install Jupyter with miniconda

在VS Code中使用jupyter笔记本,可以通过安装插件实现,但VS Code只是使用了一个小版本的jupyter,与编辑器捆绑在一起。不过,要设置R与Jupyter笔记本一起工作,我们必须进行真正的jupyter安装。

安装miniconda:

# 进入文件所在路径
cd /Users/julie/code/
#读取路径中的文件
sh Miniconda3-latest-MacOSX-arm64.sh

cd ..#返回上一级目录
  • 会弹出一个软件协议条款让你阅读,这时候直接按下Ctrl+C便可以跳过阅读过程,直接按照提示,输入yes,然后按回车键,同意软件协议条款。


    确定安装路径
  • 继续按回车,安装好后会提示:Thank you for installing Miniconda3!

设置conda环境

  • 重启终端(Terminal)应用程序;输入vim ~/.zshrc,按回车键进入编辑模式
  • 将光标移动到最后一行,在其中添加
    export PATH=/Users/julie/miniconda3/bin:$PATH
  • 按下Esc键退出插入模式;
  • 输入:wq保存修改并退出vim编辑器;
  • 输入source ~/.zshrc使更改的环境变量生效。
    注:如果使用的 shell 是 bash,则需要修改.bash_profile文件。
  • 重启终端,通过检查版本来查看是否安装成功
    conda -V
    如果出现了版本号则安装成功

安装Jupyter

在终端中运行:

conda install jupyter
记住安装的路径

Setting Up R with Jupyter

  • 在终端(zsh)键入R进入

    (如果不能通过键入“R”直接进入,则可输入R安装的绝对路径:/Applications/R.app/Contents/MacOS/R)
    获取方法:应用程序 > R > 单击右键 > 显示包内容 > Contents > MacOS > R
  • 运行:
install.packages("IRkernel")
  • 安装完成后,在R中运行:
IRkernel::installspec()

然后我遇到了如下的问题:

> IRkernel::installspec()
Error in IRkernel::installspec() : 
  jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 127.
In addition: Warning message:
In system2("jupyter", c("kernelspec", "--version"), FALSE, FALSE) :
  error in running command

这意味着R找不到安装的jupyter。请确保:(a)按照上面的指示安装了jupyter,(b)使用设置环境中的指示。(我后面重新操作了一下设置conda环境那一步,再次安装就成功啦)。

  • 然后打开VS Code,新建一个Jupyter notebook文件,就可以选择r内核啦!!!
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