文章参考:https://www.practicaldatascience.org/html/jupyter_r_notebooks.html
Jupyter的理念是将工作的界面与进行分析的底层编程语言分开。这使得创建一个界面(一个文本编辑器,一个显示结果的窗口等)成为可能,该界面可以用来在任何数量的不同程序中运行你的分析。在Jupyter生态系统中,被用来实际运行你的分析的程序(如Python、R)被称为kernel。
这意味着,可以将Jupyter笔记本用于Python之外的其他用途。
首先需要安装:
- Visual Studio Code
- python
- R
Install Jupyter with miniconda
在VS Code中使用jupyter笔记本,可以通过安装插件实现,但VS Code只是使用了一个小版本的jupyter,与编辑器捆绑在一起。不过,要设置R与Jupyter笔记本一起工作,我们必须进行真正的jupyter安装。
安装miniconda:
- 下载 Miniconda sh 文件,链接如下
https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#macosx-installers
国内网络可用进入清华镜像下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
选择对应的版本,m1/m2芯片对应的是arm64,Intel芯片则是bit-x86 - 在终端中安装, 执行如下命令
# 进入文件所在路径
cd /Users/julie/code/
#读取路径中的文件
sh Miniconda3-latest-MacOSX-arm64.sh
cd ..#返回上一级目录
-
会弹出一个软件协议条款让你阅读,这时候直接按下Ctrl+C便可以跳过阅读过程,直接按照提示,输入yes,然后按回车键,同意软件协议条款。
确定安装路径 - 继续按回车,安装好后会提示:Thank you for installing Miniconda3!
设置conda环境
- 重启终端(Terminal)应用程序;输入
vim ~/.zshrc
,按回车键进入编辑模式 - 将光标移动到最后一行,在其中添加
export PATH=/Users/julie/miniconda3/bin:$PATH
- 按下Esc键退出插入模式;
- 输入
:wq
保存修改并退出vim编辑器; - 输入
source ~/.zshrc
使更改的环境变量生效。
注:如果使用的 shell 是 bash,则需要修改.bash_profile文件。 - 重启终端,通过检查版本来查看是否安装成功
conda -V
如果出现了版本号则安装成功
安装Jupyter
在终端中运行:
conda install jupyter
记住安装的路径
Setting Up R with Jupyter
- 在终端(zsh)键入
R
进入
(如果不能通过键入“R”直接进入,则可输入R安装的绝对路径:/Applications/R.app/Contents/MacOS/R)
获取方法:应用程序 > R > 单击右键 > 显示包内容 > Contents > MacOS > R - 运行:
install.packages("IRkernel")
- 安装完成后,在R中运行:
IRkernel::installspec()
然后我遇到了如下的问题:
> IRkernel::installspec()
Error in IRkernel::installspec() :
jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 127.
In addition: Warning message:
In system2("jupyter", c("kernelspec", "--version"), FALSE, FALSE) :
error in running command
这意味着R找不到安装的jupyter。请确保:(a)按照上面的指示安装了jupyter,(b)使用设置环境中的指示。(我后面重新操作了一下设置conda环境那一步,再次安装就成功啦)。
- 然后打开VS Code,新建一个Jupyter notebook文件,就可以选择r内核啦!!!