第1代测序技术
由Sanger等发明双脱氧核苷酸末端终止法和Gilbert等发明的化学降解法。
Sanger测序原理
由于ddNTP的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA合成反应。在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的ddNTP，得到片段大小不一致的DNA混合物，然后通过凝胶电泳分离和放射自显影后识别确定待测分子的DNA序列。
特点：读长长（1000 bp），准确性高（99.999%），通量低。
第2代测序技术
边合成边测序（Sequencing by Synthesis，SBS）
在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，从而获得待测DNA的序列信息。
特点：通量高、时间短、读长短。
第3代测序技术
即单分子实时DNA测序。DNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。
单分子测序技术原理
SMRT技术：
SMRT测序速度快，每秒约数个dNTP），但是，测序错误率也较高（达到15%，可通过多次测序进行有效的纠错）。
特点：无需PCR扩增，读长长，无视GC含量的影响
纳米孔单分子测序技术：**
该技术的原理是当在膜两侧施加电压，分子马达驱动DNA分子通过纳米孔，导致电荷发生变化，每种碱基引起的电流变化是不同的，通过检测这些电流进而转化为对应的碱基序列。
常用数据格式
Fastq格式：一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。
第1行：由‘@’开始，后面跟着序列ID和可选的描述，序列ID是唯一的；
第2行：碱基序列；
第3行：由‘+’开始，后面是序列的描述信息；
第4行：第二行序列的质量评价(quality value)。
Fasta格式：
1：以“>”为开头，fasta格式标志。
2：序列ID号，gi号，NCBI数据库的标识符，具有唯一性。
格式为：gi|gi号|来源标志|序列标志（接收号、名称等），若某项缺失可以留空，“|”保留。
3：序列描述。
4：碱基序列，序列中允许空格、换行、空行，一般一行60个。
Fastq文件转Fasta文件
Linux命令
1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
2：seqtk seq -A input.fastq > output.fasta
GenBank & EMBL
GenBank格式
序列的开头以“ORIGIN”标记，末尾以“//”标记。
EMBL格式
以标识符行（ID）开头，后面跟着更多注释行。
序列的开头以“SQ”开头标记，序末尾以“//”标记。
