一、R包介绍
R包是R函数、数据集、帮助文档等的集合。计算机上存储包的目录称为库（library）。R自带了一系列默认包（包括base、datasets等），它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。
其他R包可通过下载来进行安装，不同的R包都有各自特定的功能。
R包网址：
CRAN清华镜像网址 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
Bioconductor官网 https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software
Github网址 https://github.com/lijian13/rinds【rinds包】
二、R包安装
# 清除对象
rm(list = ls())
# 直接安装包
install.packages("BiocManager")
install.packages('devtools')
install.packages('ggpubr')
# 从Bioconductor安装
BiocManager::install("clusterProfiler")
# 从Github上安装
devtools::install_github('lijian13/rinds') #前为用户名，后为包名
# 需要连接外网下载
# 从本地安装
devtools::install_local("D:/Shortcut/Desktop/A3_1.0.0.tar.gz")
包的两种调用方法
方法一：加载到环境中，包中的所有命令可以直接调用
library(BiocManager)
install( "clusterProfiler")
方法二：一次性调用，只能运行一个命令，包中的其他命令不可以直接调用
BiocManager::install( "clusterProfiler")
检验是否安装成功
方法一：加载包 library(ggpubr)
方法二：Rstudio里查看
一个包的安装思路
直接安装包—从Bioconductor安装—从Github上安装—从网站下载XX.tar.gz文件，从本地安装
三、R包操作
# 加载包
library(ggpubr)
require(ggpubr)
# 从环境中去除加载的R包
detach("package:ggpubr")
# 删除包
remove.packages("ggpubr")
# 更新包
update.packages()
四、R包查看
# 查看已经安装的包
installed.packages()
library()
# 查看环境中已经加载的包
search()
# 查看包的安装位置
.libPaths()
# 更改包的安装位置
.libPaths(new = "D:/新的/路径")
# 注意R里的路径是左斜杠
# 查看包的帮助信息
help(package="ggplot2")
# 列出R包中包含的所有数据集
data(package="ggplot2")
# R包版本查询
packageVersion("ggplot2")
五、看懂控制台输出信息
| 类型 | 控制台输出 | 做法 |
|---|---|---|
| 运行结果 |  image-20230218131833265.png
|
命令运行结束 |
| 报错Error |  image-20230218132716712.png
|
命令运行失败，检查问题 |
| 警告：Warning |  image-20230218142403467.png
|
一般可忽略 |
| 命令正在运行 |  image-20230218132237605.png
|
等待或者中断运行 |
| 命令不完整 |  image-20230218132055144.png
|
按esc键退出，或者补全命令 |
| 询问选择 |  image-20230218132928126.png
|
【a/s/n】先n，不行再a；【yes/no】先no，不行再yes |
| 没输出 |  image-20230218133036581.png
|
命令已成功运行 |
六、更改R包安装路径步骤
- 手动新建一个想要存放R包的文件夹，复制路径；
- 修改成R中路径的形式，如"D:/Shortcut/Desktop/Rlibrary"；
- 添加R包下载路径，命令 .libPaths("D:/Shortcut/Desktop/Rlibrary")；
- 查看新添加路径是否是第一个下载路径，命令 .libPaths()；
- 之后R包就会自动下载到第一个路径里。
课后小结
安装R包时需要加双引号"package_name"，或者单引号'package_name'，加载R包时不需要，引号是英文状态下的引号。
课后巩固
安装以下R包并测试是否安装成功
pheatmap
limma
org.Hs.eg.db
课后拓展
一条命令更新所有R包
install.packages("rvcheck") library(rvcheck) # 检查R版本 rvcheck::check_r() # 更新所有R包 rvcheck::update_all(check_R=FALSE,which=c("CRAN","BioC","github"))
