R基础| R包安装—汇总常用R包操作

一、R包介绍

R包是R函数、数据集、帮助文档等的集合。计算机上存储包的目录称为库（library）。R自带了一系列默认包（包括base、datasets等），它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。

其他R包可通过下载来进行安装，不同的R包都有各自特定的功能。

R包网址：

CRAN清华镜像网址 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

Bioconductor官网 https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software

Github网址 https://github.com/lijian13/rinds【rinds包】

二、R包安装

# 清除对象
rm(list = ls())

# 直接安装包
install.packages("BiocManager")
install.packages('devtools')
install.packages('ggpubr')

# 从Bioconductor安装
BiocManager::install("clusterProfiler")

# 从Github上安装
devtools::install_github('lijian13/rinds') #前为用户名，后为包名
# 需要连接外网下载

# 从本地安装
devtools::install_local("D:/Shortcut/Desktop/A3_1.0.0.tar.gz")

包的两种调用方法

方法一：加载到环境中，包中的所有命令可以直接调用

library(BiocManager)

install( "clusterProfiler")

方法二：一次性调用，只能运行一个命令，包中的其他命令不可以直接调用

BiocManager::install( "clusterProfiler")

检验是否安装成功

方法一：加载包 library(ggpubr)

方法二：Rstudio里查看

一个包的安装思路

直接安装包—从Bioconductor安装—从Github上安装—从网站下载XX.tar.gz文件，从本地安装

三、R包操作

# 加载包
library(ggpubr)
require(ggpubr)

# 从环境中去除加载的R包
detach("package:ggpubr")

# 删除包
remove.packages("ggpubr")

# 更新包
update.packages()

四、R包查看

# 查看已经安装的包
installed.packages()
library()

# 查看环境中已经加载的包
search()

# 查看包的安装位置
.libPaths()

# 更改包的安装位置
.libPaths(new = "D:/新的/路径") 
# 注意R里的路径是左斜杠

# 查看包的帮助信息
help(package="ggplot2")

# 列出R包中包含的所有数据集
data(package="ggplot2")

# R包版本查询
packageVersion("ggplot2")

五、看懂控制台输出信息

类型	控制台输出	做法
运行结果	image-20230218131833265.png	命令运行结束
报错Error	image-20230218132716712.png	命令运行失败，检查问题
警告：Warning	image-20230218142403467.png	一般可忽略
命令正在运行	image-20230218132237605.png	等待或者中断运行
命令不完整	image-20230218132055144.png	按esc键退出，或者补全命令
询问选择	image-20230218132928126.png	【a/s/n】先n，不行再a；【yes/no】先no，不行再yes
没输出	image-20230218133036581.png	命令已成功运行

六、更改R包安装路径步骤

手动新建一个想要存放R包的文件夹，复制路径；
修改成R中路径的形式，如"D:/Shortcut/Desktop/Rlibrary"；
添加R包下载路径，命令 .libPaths("D:/Shortcut/Desktop/Rlibrary")；
查看新添加路径是否是第一个下载路径，命令 .libPaths()；
之后R包就会自动下载到第一个路径里。

课后小结

安装R包时需要加双引号"package_name"，或者单引号'package_name'，加载R包时不需要，引号是英文状态下的引号。

课后巩固

安装以下R包并测试是否安装成功

pheatmap

limma

org.Hs.eg.db

课后拓展

一条命令更新所有R包
install.packages("rvcheck") 
library(rvcheck) 
# 检查R版本
rvcheck::check_r()
# 更新所有R包
rvcheck::update_all(check_R=FALSE,which=c("CRAN","BioC","github"))