学习小组Day3笔记-Linux环境下的软件安装-April

思维导图

• 1）conda是： Linux的应用商店

• 2）下载miniconda

  • 准备工作：检查有没有 bzip2（压缩软件）
    • 安装code：yum install -y bzip2
  • 找到miniconda的下载网址

• 3）安装和配置miniconda

  • 确定安装目录：biosoft
  • wget 下载链接.sh (sh代表脚本文件）
  • bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --> enter*n --> yes\
  • 激活：source ~/.bashrc --> conda
    • 失败：删除 miniconda3，从bash开始重新repeat
  • 使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes 

• 4）使用miniconda，

  • 查看已安装的软件 conda list
  • 搜索软件 conda search fastqc
  • 安装 conda install fastqc -y
    • 指定版本号 conda install fastqc=0.11.7 -y
  • 卸载 conda remove fastqc -y

• 5）满足不同的生信实战项目需要，定制conda的分身。

  • def：conda environment 为不同项目的分析定制环境
  • 查看有哪些conda envs：conda info --envs
  • 新建 conda envs：
    • eg: 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic:
      • conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  • 激活conda envs：
    • conda activate rna-seq
  • 卸载conda envs中的软件
    • 卸载环境中的某个软件
      • conda remove -n rna-seq fastqc -y
    • 卸载整个环境，需要先退出当前环境再删除
      • conda deactivate
      • conda remove -n rna-seq --all

总结

conda使用相关

定制conda环境