思维导图
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1）conda是： Linux的应用商店
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2）下载miniconda
- 准备工作：检查有没有 bzip2（压缩软件）
- 安装code：
yum install -y bzip2
- 安装code：
- 找到miniconda的下载网址
- 准备工作：检查有没有 bzip2（压缩软件）
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3）安装和配置miniconda
- 确定安装目录：biosoft
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wget 下载链接.sh(sh代表脚本文件） -
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh--> enter*n -->yes\ - 激活：
source ~/.bashrc --> conda- 失败：删除 miniconda3，从bash开始重新repeat
- 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
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4）使用miniconda，
- 查看已安装的软件
conda list - 搜索软件
conda search fastqc - 安装
conda install fastqc -y- 指定版本号
conda install fastqc=0.11.7 -y
- 指定版本号
- 卸载
conda remove fastqc -y
- 查看已安装的软件
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5）满足不同的生信实战项目需要，定制conda的分身。
- def：conda environment 为不同项目的分析定制环境
- 查看有哪些conda envs：
conda info --envs - 新建 conda envs：
- eg: 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic:
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- eg: 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic:
- 激活conda envs：
conda activate rna-seq
- 卸载conda envs中的软件
- 卸载环境中的某个软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
- 卸载整个环境，需要先退出当前环境再删除
conda deactivateconda remove -n rna-seq --all
- 卸载环境中的某个软件
总结
conda使用相关
| code | 含义 |
|---|---|
| conda list | 查看已安装的软件 |
| conda search fastqc | 搜索软件 |
| conda install fastqc -y | 安装 |
| conda install fastqc=0.11.7 -y | 指定版本号安装 |
| conda remove fastqc -y | 卸载 |
定制conda环境
| code | 含义 |
|---|---|
| conda info --envs | 查看有哪些conda envs |
| conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y | 新建 conda envs |
| conda activate rna-seq | 激活conda envs |
| conda remove -n rna-seq fastqc -y | 卸载conda envs中的软件 |
| conda deactivate | 退出当前环境 |
| conda remove -n rna-seq --all | 卸载整个环境 |
