随着人们对细菌的了解越来越深入，对于生物的传统分类——植物和动物，也开始受到质疑。R.H.魏泰克将生物重新划分为：动物界、植物界、真菌界、原生生物界和原核生物界五类。但这个方案并没有明确原生生物界的定义。卡尔·沃斯通过对细菌遗传连贯性的研究发现了另一种未知的基本生命种类——缺少脂质和肽聚糖的原始细菌。之后他把生物进行重新划分，分成23个“部”，它们存在于3大类下：细菌、原始细菌和真核细胞。虽然这一分类方式更加科学，但在当时并没有受到大家的认可。最主要的原因是把人类和其他我们可见的复杂动植物都放在了一个细小的分支上——这大概是很难接受的。
地球在奥陶纪、泥盆纪、二叠纪、三叠纪和白垩纪依次经历了五次巨大的灭绝事件，其中规模最大的一次要数二叠纪灭绝，地球损失了多达96%的全部物种，但也为后面的恐龙出现清理了空间。
