1.首先下载好3个文件

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2.按照autodockvina-mgltools-raccoon依次按照到C盘
***autocockvina,和mgl安装可参考以下链接
（https://blog.csdn.net/qq_36170511/article/details/80550517）
（http://blog.sina.com.cn/s/blog_15d0344a30102xfxx.html）

注意，raccoon直接把文件夹解压缩放在到MGLTools的安装目录下

3编辑raccooon.bat文件使得调用的python.exe和raccoon.py指向MGLTools的安装目录下的python.exe和raccoon.py。

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我的安装目录是c:\ProgramFiles(86)\MGLTools-1.5.6，所以编辑.bat文件为"c:\ProgramFiles(86)\MGLTools-1.5.6\python.exe" "c:\ProgramFiles(86)\MGLTools-1.5.6.py"。

1.png

.bat文件就是raccoon后面写的Windows批处理。。。，需要右键点击编辑后在文件里修改保存。保存后双击修好的raccoon就可以打开Raccoon.

2.png

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3.png

Raccoon使用

1打开Raccoon
双击Raccoon

2.png

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3选择需要加载的mol2文件，由于文件大，这一步需要等待3分钟左右

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4打开按照提示操作，点击确定，选择储存的文件夹。

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5这一步在分解小分子

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6开始分解转换小分子结构，从mol2到pdbqt,并存到文件夹中

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7分解完后点击OK进行保存就完成操作了。