生信的很多文件操作的时候,文件读取是很重要的。文件读取使用的好,脚本会好写很多。总结一下
1.fasta格式:
将ID列和对应的序列构建成字典,再遍历字典,遍历的过程中完成操作,比如序列长度,GC含量等等。
2.fastq格式:
while True:
line1=file.readline()
if not (line1):
break;
line2=file.readline()
line3=file.readline()
line4=file.readline()
采用这种方式,大多时候能节省时间和提升脚本的简易程度。