2018-07-17(关于文件读取的问题)

生信的很多文件操作的时候,文件读取是很重要的。文件读取使用的好,脚本会好写很多。总结一下
1.fasta格式:
将ID列和对应的序列构建成字典,再遍历字典,遍历的过程中完成操作,比如序列长度,GC含量等等。
2.fastq格式:

while True:
     line1=file.readline()
     if not (line1):
           break;
     line2=file.readline()
     line3=file.readline()
     line4=file.readline()

采用这种方式,大多时候能节省时间和提升脚本的简易程度。

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