四战结束，木叶收藏研究宇智波斑的尸体。
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‘0’从宇智波斑的尸体中诞生，之后他被改造，阉割，去除了相当的激素分泌，变成无性无情的战争傀儡。
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木叶及诸忍村皆毁灭，忍者从历史舞台上退场，查克拉力量体系消失，‘0’和宇智波斑的基因在各代当权机构组织之中流转，由于力量太过强大，和尾兽人柱力一样被封印，只有需要的时候才解封。（脑洞来自冬兵）
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宇智波斑被克隆，诸多实验体中有一个成功有了自我意识和生命，并且和‘0’建立了联系，‘0’终于拥有了‘自我意识’。但是他们的处境并不好，斑作为实验品被克隆，拥有自我意识的那一个很快受尽折磨被销毁了。
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克隆体死后，‘0’因为神树反应祈愿的属性，在绝望之中吸收了‘诸天万世人心所生之恶’，承担了代表毁灭的世界意识，他以幻术操纵各国战争，最终使人类动物乃至植物都自相残杀灭亡。（脑补的是王牌特工里瓦伦丁灭绝人类的方法，不过连动物植物昆虫也会被影响，而且无死角，最后沉睡被封印的尾兽和人柱力也狂暴醒来），世界变得一片死寂。
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‘0’解开了辉夜姬的封印意图吞噬她所拥有的那一半代表创生的世界意识，两人战斗之中打乱了时空的流动，一同回到了过去。由于时空定律，辉夜被封印在月亮上的本体吸收，而‘0’则回到了宇智波斑的心脏里，并提前出生。
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衰老的宇智波斑临死前见到了‘0’，因为‘0’本身没有性别，便以为他是个女孩子，取名为‘十六夜’之后就撒手人寰。
‘0’从此成为女性，以女性自居。
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十六夜本能的与辉夜姬互相吞噬，于是她便收集了尾兽，召唤十尾解开了封印，和辉夜姬完成了那场本应发生在未来的大战，结果世界完全崩塌，大地崩裂，万物归于虚无。最后关头十六夜自身投入神树，抽出九大尾兽送上天空化作九大行星并与神树链接，使得查克拉体系得以保存，能量循环不息，神树作为宇宙的中心，容纳了所有存在过的灵魂，但也无法再产生新的灵魂，没有新生就是没有未来，这个世界虽然被保存了下来，却已经死了。
（正文01-02）
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之后是无限的时间之中，十六夜为了保存这个已死的世界，被已经死亡的‘世界意识’主导，无止境的吞噬着其他行星和宇宙，任何与她靠近的位面都被黑暗与毁灭所腐蚀，然后破碎消亡。如果这样下去，终有一天，她会因完全沉沦于黑暗而化作尘埃，或者与其他位面宇宙战败而被灭杀。（这个时期的十六夜类似奇异博士中的多玛姆）
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幸好宇智波斑的魂光偶尔会唤醒十六夜的‘自我意识’，清醒过来的她开始尝试修改意识认知来改变灭亡的现实。因为如果在神树之中的灵魂们如果都能达成同样的认知，这个认知将形成新的世界意识，从而改变这个灭亡的结局。
十六夜将这个认知定为‘抹消千手柱间’。
然后她自己也会因为作为‘父亲’的千手柱间死去而消失，这样世界毁灭的危机就会解除了。
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十六夜开始行动，但是由于她是灭世神，所以世界上一切灵魂都排斥她，也因为被他吸收融合的辉夜姬应该被封印在月亮上，所以她不得不以投影的形式附身宇智波绮罗，却没想到唤醒了绮罗灵魂中的后世记忆。之后她刺杀柱间不成，又因为对宇智波斑吐露未来他将被千手柱间杀死的事情意图阻止千手宇智波结盟，被世界意识排斥，投影被业火灼烧化为灰烬。
（正文03-？？还没写出来 o(╥﹏╥)o ）
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在十六夜死后，绮罗生下一个儿子名卯，天生写轮眼并觉醒了木遁，宇智波和千手两族结盟并建立了木叶，但由于大名（代指，代表政治势力）希望制衡木叶创始两族，最好能换上听话好掌握的，最差也不能让他们团结一致。于是派人暗中挑拨离间，期间爆出了卯并非柱间之子的事实，两族联姻搁浅，并开始为卯的归属而扯皮，纷争初见。
此时斑被爆出几乎失明，宇智波落于下风，木叶之外也危机重重，但幸好有柱间实力压制，于是柱间声望愈高，宇智波则愈发被人非议。
期间泉奈视力开始减退，于是将眼睛换给了斑合成了永恒万花筒，但也因此查克拉经脉受损，无法再使用忍术并缠绵病榻。
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黑绝趁机害泉奈病死，之后斑虽然多方筹谋，却终究无力回天，与柱间的分歧也越来越大，最终还是离开了木叶，但因为人心思安定，宇智波族人尝到了联合的甜头不想与他离开木叶去流浪，只有火核火鸦兄弟跟随身边。
斑依旧走上了宿命之路，带着九尾回到了木叶与千手柱间一战，于终结谷被杀。
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由于无法处理九尾，柱间终于答应漩涡的联姻，尴尬的迎娶了之前被自己悔婚过的漩涡水户。同时绮罗由于经历过宇智波灭族的前生，眼见宇智波和木叶都将走上前生的绝路，内心的怨恨与恐惧与日俱增，终于在木叶将隼斗陷入必死境地的时候带着儿子和一些族人叛逃。扉间带着猿飞佐助，志村族长等影级高手阻拦他们，却被尚年少的卯挡住。卯开启须佐能乎在木叶大肆破坏为母亲和族人吸引火力，之后逼得柱间不得不带伤上阵亲自挡住卯。
即使是受伤的柱间也不是卯能对抗的，很快便被打出了木叶。眼见扉间和其他高手去追击母亲，卯将阳之力凝聚在心脏，派了忍猫将自己的心脏送给绮罗，自己则依靠幻术构造的虚假心脏继续战斗直到死亡。
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绮罗得到了卯的心脏，吸取了心血和阳之力之后打开了万花筒，成功带着族人逃走。绮罗带着愿意跟她走的族人找到了火鸦火核，之后他们致力于月之眼和复活宇智波斑。
最终第四次忍界大战爆发，卯被绮罗秽土转生回来，却发现柱间迎娶了水户之后，过继了千手家的子嗣为子，绮罗和卯的存在被彻底抹杀，心中颇为不是滋味，但他毕竟知道自己并不是柱间之子，本就没有资格占据这个身份，也理解柱间扉间为了稳定安宁做出的选择，所以并未加入战斗。
斑成为十尾人柱力之后，被黑绝暗算，解开了辉夜姬的封印，结果封印中出现的，却是当初曾有一段短暂交集的十六夜。
（上部完）
（下部）
一个意外来到了毁灭的表世界，他从神树上唯一一颗果实中生长出来，落地化作少年，正是十六夜与绮罗的孩子卯。
卯为十六夜讲述了自己的经历，之后十六夜向卯解释了自己这边的经历，便要将卯斩杀。危急时卯被秽土转生召唤走，然后十六夜也被月亮封印的解除而被召唤。
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两人来到了四战战场，十六夜失去了意识，只知道毁灭和杀戮，大家一起对抗她，意外中卯和十六夜跌入了时空乱流，竟然真的逆转了时空回到了过去。十六夜的意识被月亮上的大筒木辉夜吸走，陷入融合与沉睡，卯则寄生在她的躯体空壳。
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之后卯则以十六夜的身份行走，并致力于宇智波和千手的和解。
后来柱斑两人联合天下忍者，却终于消除了忍者之名，从此众生平等。
（这一部分应该非常长，所以算下部）
结局
原来卯是十六夜特意从自己灵魂中分离出来的，爱与新生的部分，而月亮上的十六夜吞噬了辉夜姬之后，则承担一切憎恨与恶而消逝了。
月亮消失之后，卯将十六夜的躯体（神树）和力量化作一颗能生存的新星，命名高天原，围绕大地运行，自己的灵魂则重新化为一颗神树种子，在木叶生根发芽。
木叶建城，天下武力归于木叶将军府统管，千手柱间和宇智波斑两位宗主作为精神象征移居高天原，与为了处理政事而设的政府三权分立。
多年后，柱斑两人生有一儿一女，大儿子名零，小女儿名十六夜，并未冠以千手或宇智波的姓氏。
十六夜与宇智波隼斗之孙女相爱，但由于两人都是女子无法获得后代，便去向神树祈愿，十六夜福至心灵，以两人之血浇灌一朵树花。树花结果，化作一个男婴，名卯，初代天皇神武之曾祖，后世称之为天孙。
之后神树枝桠随着人类开发的脚步，遍植每一座城市，人们习惯了向神树祈愿子嗣，慢慢失去了生育能力，也愈发尊敬依赖神树，于是无论如何战乱，神树所庇佑之地都是孩子的避难所。
而神树因为得到人类无穷的信仰，逐渐变异，不再因失去查克拉而渴望吞噬，真正成了世界的守护神。
