Python处理fa文件的1/N种尝试

Part1 :计算fasta的序列的长度
建立一个测试文件

>chr1
ATCTTCCCGGGGGGGGGAA
#!/user/bin/python

with open ("test1.fa") as fasta:
    next(fasta)
    length =0
    for line in fasta:
        #print(line)
        line = line.rstrip()
        length = length +len(line) 
        print(length)

注意点:
line.rstrip() 去掉换行吧符,因为不去掉换行符,在文本文件里,换行符/n,new line 会占据字符长度。

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