如何安装circos

安装篇:

circos 是一款perl 语言开发的画图软件,提供了染色体相关数据的一种可视化方式。
官网如下:
http://circos.ca/
我们不妨进入官网,看一看:

image.png

在下图中, circos-0.69.6.tgz 就是源代码的安装包,我们只需要下载这个即可。安装时,我们只需要使用源代码的安装包就可以了。由于是使用perl 语言开发的,所以不需要编译。只需要下载解压缩即可。
具体过程:

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69

解压缩之后就可以了。安装好之后,可以用自带的例子测试一下,来看一看是否已经安装成功:

cd circos-0.69/example/
../bin/circos -conf etc/circos.conf

如果发现运行不了,多半是废了,那么怎么办呢?
让我们开动Brain storm,那多半是没有安装相应的perl的模块,我们进入
../bin/目录下,利用./circos -module来查看缺失的模块


image.png

image.png

带有missing标签的就是你缺失的模块,将对应的模块安装上去即可。
首先,我们要安装自己的perl编译器,安装好以后,利用perl -MCPAN -e shell安装。
具体过程:

把missing的模块挑选出来

./circos -module | grep missing | awk -F ' ' '{print $NF}' | tr '\n' ' ' | sed 's/$/\n/g'
#进入安装界面
perl -MCPAN -e shell
# 安装
install 模块

这样就可以了

如果GD的库安装不了,请联系管理员帮安装:

#管理员
sudo apt-get install libgd-dev

然后再进入perl -MCPAN -e shell安装GD

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