在conda中使用R语言可以避免很多问题,更方便,特别是在无root权限时
首先下载miniconda,https://docs.conda.io/projects/miniconda/en/latest/
sh安装后source一下或者重进一下
是否自动进入conda环境
conda config --set auto_activate_base true #false则不自动进入
不自动进入需每次激活环境
conda activate
conda deactivate #退出
配置国内镜像源,conda config
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channels-urls yes
conda config --show channels #查看配置的镜像源
安装软件conda install
以安装smatools为例
conda search smatools
conda install smatools
conda install smatools=1.7 #指定版本
创建虚拟环境
conda create -n R # -n后面加任意你喜欢的环境名称
conda info --envs #查看已创建的环境
conda activate R #进入创建的环境
安装R语言
conda install R
conda activate R #进入创建的环境
conda deactivate #退出
删除环境
conda remove -n env_name --all
Tips:搜索conda cheatsheet可查看conda使用说明