系统配置要求:
- Linux至少8核(推荐16核)
- 64GB RAM(推荐128GB),最低配的64G允许cellranger aggr合并最多250k个细胞
- 1T硬盘
- 64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04
mkdir -p:递归创建目录,即使上级目录不存在,也同时会按照目录层级自动创建目录
xargs命令:不同于管道命令
echo '--help' | cat
-----help
echo命令的输出通过管道定向到cat的输入
echo '--help' | xargs cat
xargd将其接受的字符串--help
做成cat的一个命令参数来运行
- -d选项 指定分隔符
echo '11@22@33' | xargs echo
11@22@33
echo '11@22@33' | xargs -d '@' echo
11 22 33
- -p选项 询问是否执行
echo '11@22@33' | xargs -p -d '@' echo
输出:
echo 11 22 33
?...y ==>这里询问是否执行命令 echo 11 22 33 输入y并回车,则显示执行结果,否则不执行
11 22 33 ==>执行结果
- -n 选项 将xargs生成的命令行参数,每次传递几个参数给其后面的命令执行
echo '11@22@33@44@55@66@77@88@99@00' | xargs -d '@' -n 3 echo
输出结果:
11 22 33
44 55 66
77 88 99
00
- find + xargs
xargs的 -0 和 -d '\0' 表示其从标准输入中读取的内容使用 '\0' 来分割;print0参数表示find输出的每条结果后面加上 '\0' 而不是换行
find . -name "*.txt" -print0 | xargs -d '\0' echo
输出:
./2.txt ./3.txt ./1.txt
(详见https://www.cnblogs.com/wangqiguo/p/6464234.html)
fastqc -t 20
-t 20表示一次运行20个文件,-t是线程与系统配置相关
详见CellRanger走起(刘小泽)