室内农业有很多栽培方式，目前比较成熟的栽培系统包括以下几类：滴灌、浅液流水培、气雾培和潮汐培。不同的栽培系统具有各自的优缺点，针对不同的植物应该如何选择适合自己的栽培系统呢？
使用基质栽培目前是温室园艺领域一种广泛而有效的栽培形式，可以是盆栽或者袋栽，通过滴灌或者潮汐苗床进行灌溉，种植的作物种类涵盖了果菜、根茎类以及很多绿叶菜。基质栽培是一种相对比较简易的方式，和土壤栽培比较接近，很多传统农业的种植经验可以借鉴。基质本身具有一定的缓冲特性，对肥料和水分的保持相对稳定一些，因此比较适合室内栽培入门选择。
那么为什么在室内农业中大多并不采用基质栽培的方法呢？
因为总有一些原因让人们选择放弃基质栽培，例如基质栽培无法满足洁净度的要求，无法精确地判断营养的供给，基质栽培容易有病菌的污染，基质栽培不容易实现自动化和机械化等等。当然，也有人觉得基质栽培是最优的，基质种植的农产品口感优于其他系统，这里就不展开讨论。
目前室内农业中主流的栽培方式还是以水培和气雾培为主，两种方法都是直接将营养以液体的形式供给到植物根部。
水培是不使用土壤或其他基质而是用营养液来栽培的一种方式，根系长期或者间歇浸泡在营养液中。传统观念中认为的植物生长必须需要土壤，然而科学证明植物离开土壤一样可以健康生长，土壤固定根系的功能可以通过其他方式替代。水培和传统土壤种植相比能够生产出更快更高产的植物，更关键地是，水培可以实现垂直种植，通过水泵和重力进行营养液的循环，从而减少了平面占地面积。
另外一种自动控制的方法是气雾栽培，通过压力喷头将营养液以雾滴的形式喷洒到植株的根系，根系悬空在一定的设施空间内。喷雾的水泵通过时间间隔设置启停，这样的栽培系统中根系可充分地吸收水分营养和氧气。
这两种栽培形式都是优于土壤栽培的，而且一定程度上也比基质栽培更佳适宜室内栽培的环境，为植物的种植提供了更多灵活的形式。
气雾栽培的系统相对水培来讲更简单，很容易在网上购买到需要的设备材料，轻松搭建自己的生产系统，而水培则需要一定的定制化的设备和材料。而且气雾培相对水培用水量更少，气雾培的水量大约是水培的四分之一。
气雾培的植株移栽更方便，和水培相比不太会出现因为移栽而出现需要缓苗的情况。气雾培可以直接观察植物的根系并且调整喷雾的情况，能够更早地发现一些问题从而做出调整。
气雾培目前的缺点在于所需要占用的空间较大，根系生长需要有一定的高度，这对于空间利用率要求较高的室内农业栽培具有一定的限制。而且气雾栽培对系统的稳定性要求较高，一旦出现断电或者缺水，会直接影响植物的生长。
从种植作物的适应性来看，气雾培能够适宜更多的作物品类。
